但是任超却没有就此放过这些各地督抚的念头，在收复了菲律宾，闽浙和两广四省之后，时间又过去了大半年，这时候已经到了1898年的9月份，这例行御前会议上，任超上奏光绪帝，弹劾陕甘总督升允，贪赃枉法，卖官鬻爵，纵兵劫掠等十项大罪，要求将升允革职拿问，械送京师交由司法部审讯议罪。并向光绪帝及内阁大臣们出示了升允收受贿赂的一干罪证。任超同时提议新疆巡抚饶应祺数年来治理新疆有功，可擢升为陕甘总督。
同时任超弹劾云贵总督崧藩与叛逆原两广总督德寿暗中勾结，意图谋反，并公示了在两广总督府里搜出了德寿与崧藩暗中来往的书信数十封，其中多有大逆不道之言，要求严惩崧藩以儆效尤。
但是任超此举遭到了李鸿章等内阁大臣的强烈反对，虽然任超证据确凿，但是李鸿章等人却以事关重大为由，主张应由皇上派出钦差大臣前往云贵和陕甘查访此事，待事情查明，如果属实再做处置。
光绪帝自然是采纳了李鸿章等人的建议，分别派出钦差大臣前往陕甘和云贵查访。任超虽然有些不高兴，但是也没有表现出来，只能默默接受了这一现实，但是任超并没有就此放弃。
李鸿章等人此举不过就是缓兵之计而已，以防止任超的势力进一步的膨胀，所以虽然光绪帝指派了钦差大臣，但是钦差大臣迟迟没有上路，一直拖延了数天。
而这几天时间里，任超却没有闲着。一直在暗中调兵遣将。就在钦差大臣正准备上路的时候，任超突然以陆军部的名义发布命令，以加强边防力量为主，命令驻守广西境内的两个师，分别向云南和贵州挺进。命令宁夏的牛凯旋。派骑兵第二师及步兵一个旅向新疆挺进，另外派出步兵一个旅进入陕西，同时驻守山西的第八师也接到命令分兵数路向陕西进军。
任超此举极大的刺激了各地方实力派，云贵总督崧藩，陕甘总督升允，四川总督恭寿这三位满清总督发表联名通电。讨伐叛逆任超。但是这也只不过是失败前最后的叫嚣罢了。
在陕西牛凯旋率领大军，一路势如破足，仅用了三天时间便兵临西安城下，不到半天时间便攻破了西安城。陕甘总督升允化妆潜逃，侥幸逃过一劫。逃出西安之后连夜逃往了兰州。但是虎贲军两万大军随即追到了兰州，于10月中旬攻占兰州，允化畏罪自杀。截止到11月中旬，虎贲各部成功控制了陕西，甘肃，新疆三省。
在南线，虎贲军的进展也是相当顺利，10月19日便成功攻占了贵阳。11月8日成功攻占昆明，崧藩逃往越南。但是越南的法国殖民当局根本不敢收留崧藩，经过一番交涉之后。于12月初法国殖民当局乖乖的将崧藩交给了虎贲军。
叛乱发生之后，任超随即命令长江舰队封锁了长江航道，随后护送东海舰队海军陆战队七千余人扬长江西进。两江总督刘坤一和湖广总督张之洞情知无力对抗虎贲军，根本不敢加以阻拦。11月中旬，海军陆战队成功攻占重庆，随即向成都进军。于此同时攻占云南和贵州的虎贲军各出兵一部夹击四川，12月初。虎贲军成功攻占成都，四川总督恭寿被俘。至此西北西南各省叛乱基本被平定了。
1899年元旦。任超以陆军部的名义发布命令，整编全*队。此举遭到了李鸿章等人的强烈反对，但是任超以宪法规定，陆军部有权指挥全*队为由，予以反驳，坚持对全*队进行整编，强制收回各地督抚对个地方军队的指挥权。
此时各地督抚之中，只剩下了两江总督刘坤一和湖广总督张之洞。其中两江总督本来下辖三个省，分别为安徽，江苏，江西。而之前虎贲军早已经控制了安徽省，随后在接管南洋水师之后，组建了东海舰队和长江舰队两支舰队。这两支舰队下辖有海军陆战队一个师又一个旅，共计两万余人，全部驻守在南京和上海附近的沿海沿江地区，也就是说江苏省的大多数的主要城镇其实都在虎贲军的严密控制之下。何况在安徽，浙江，广东等与两江接壤的地区，虎贲军还驻扎着整整六个师的陆军。虽然刘坤一手中手握五万南洋新军，但是也不敢轻举妄动。
而湖广总督张之洞，虽然手里也有着三四万新军，但是此前虎贲军一个所谓的工程部队一万多人已经以修筑京汉铁路为由进入了湖北省，现在就驻扎在离武汉城不足百里之处，虽然说是一支工程部队，但是张之洞心里却清楚，那不过只是一个幌子罢了，这支部队实际上却是曾经参加过对日作战，对俄作战的虎贲军精锐改编而成。何况湖南和湖北两省，除了东面之后，此时也已经被虎贲军三面包围了。
面对如此形势，张之洞和刘坤一只能乖乖的交出了指挥权，随后虎贲军成功进入江苏，江西，湖北，湖南四省，顺利接管了南洋新军和湖广新军的指挥权。不进如此，任超还命令虎贲军趁机接管了江南制造总局，汉阳兵工厂等主要的军工企业。
为此李鸿章和任超大吵一架，年老体衰的李鸿章这个时候身体本来就已经不行了，因此大病一场，卧床不起，一怒之下竟然辞去了总理大臣之职务。
1899年3月任超奉命组建新内阁，首次担任内阁总理大臣之职务，任超趁机将一些顽固派大臣全部挤出了内阁，将张之洞和刘坤一这两位重臣全部调入了内阁，分别担任内阁副总理大臣和民政部尚书的职务。但是即便如此，新
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