坐大在皮岛的毛文龙已成为尾大不掉的态势，处理毛文龙问题的轻率与专断，在很大程度上促成了袁崇焕的悲剧命运。
皮岛又称为椴岛、东江，是位于渤海中的一座长十五里、宽十里的岛屿，与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈现三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分的重要。
毛文龙原本是杭州的一个无业游民，三十岁时经他的舅父推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升到副总兵。此后他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛遂称雄镇。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守之后，皮岛的战略意义更加的突出。
毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但是他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷包括对政事一向不感兴趣的天启都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。毛文龙就像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
但坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙也的确由于久镇一方而变得骄横不法。他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军，军中担任要职的大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛。
他虚报兵额二十万人，其实不到五万人，其他十几万人的军饷，大多落入他的私囊。他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：“可用则用之，不可用则杀之。”
不难看出，驱使他这样做的并不是个人私利，而是个人的道德好恶，他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，如此草率地加以杀戮，袁崇焕何其失策。
果然袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张，他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这招颇为毒辣，直接的后果就是使毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收，毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯，但崇祯的态度含糊，不肯表态。
奏章中，毛文龙悲愤地说：“诸臣独计想要除去臣，而不计除掉他，将江山当作满足自己的私忿，将操戈矛于同室。”以后发生的一系列变故，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任开始，首先对付的竟然是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事情，隐约透露出这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉攘外必先安内的信条。毛文龙不愿意服输，袁崇焕理所当然地认为这就是不可用，既然不可用，那么就要杀他。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋，可惜这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，主动给他送上一大批军饷。紧接着袁崇焕以阅兵为名，深入皮岛。
对此毛文龙全然不备，当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁崇焕当即煽动：“我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸，你们受我一拜吧。”
毛文龙手下将领对袁崇焕的一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大概就是如此。
就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪，然而真正沾得上边的不过两三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了，过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。
毛文龙当天即在帐前遭斩首，死在他苦心经营了十年的皮岛上，毛文龙的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。
虽然此前崇祯赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕竟然在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名朝廷和崇祯均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅官命。
然而崇祯也有他的苦衷，他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。
也就是说，当崇祯迫不得已下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路。
当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率十万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦
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