而后朱载垕的儿子后来的万历帝出世，嘉靖帝也终于淡淡的说：“多了个皇孙，也算是个喜事吧。”
而这位小皇孙，也一直没有得到祖父的赐名，直到朱载垕登基后，才有了自己的名字。但也正是在这些年里，嘉靖帝不断把高拱等才俊安排在朱载垕身边，把他当做未来帝王来培养。
嘉靖四十五年，生命已到弥留阶段的嘉靖帝，终于传召朱载垕进见，而后驾崩于干清宫。临终前的嘉靖帝老泪纵横的对朱载垕说：“为父不是不想见你，可是道士们说，我们二龙不相见，见你就是害你啊。”三十多年里，嘉靖帝确实以最冷漠的方式，来表达对儿子最深情的爱。
比起父亲嘉靖帝朱厚熜来，即位的隆庆帝朱载垕，因为他用人得当，朝廷内人才济济，国家经济全面恢复，外患消弭，军备振兴。他在位的时期，是后世公认的明朝隆万中兴的开始。
但他本人，却是一个挨骂非常多的皇帝，说他懒，御史郑履淳曾经写奏折批他，质问说皇上在位三年，曾经召见过大臣吗？曾经亲自主持筹划过国家大事吗？你对奏章的批复，是你自己写的吗？而骂的好美女的更多，除了他那些具体行为外，有些言官甚至捕风捉影，御史蔡汝贤就曾上奏说：“皇上你这两天瘦多了，肯定是经常宠幸女人，你可不能这样啊。”
对这些骂他的奏折，朱载垕大部分时候还是很宽厚，大多数的奏折，他既不惩罚上奏官员，也不批复，基本都留中了，少数例外的，蔡汝贤的那份奏折，他还特意批复了，在批复中回答说：“我这两天真的没有宠幸贵妃，我瘦确实是因为干工作累的。”
登基后的朱载垕，面对的是朱厚熜留下的烂摊子，北方鞑靼部落持续进犯，国家财政严重紧张，他登基早期，国家粮仓里的存粮，仅仅足够支用一个月。他登基后的种种举措，后人称赞比较多的，包括有停止各类道教活动，带头恭行节俭，遏制兼并，平反冤案。
大多是对朱厚熜在位中后期种种过失的补救，而他做的最重要的两个事情，一是整顿军备，二是开放对外贸易。这位被看做软弱温和的帝王，对于军备却极为重视，他登基后的第二天，即下诏书给明朝九边边镇，希望各个边镇通力合作，早日打大胜仗。
也正是他在位时期，抗倭名将戚继光北调蓟州，加强北部边防，另一位后来的名将李成梁，也正是在他在位的第一年提拔为辽东总兵。隆庆三年，他还在皇宫举行了明王朝历史上最盛大的阅兵仪式，明朝武备的重振，确实从他开始。
而开放海外贸易方面，朱载垕的举措，就是历史上的隆庆开关，对于朱元璋的海禁祖制，表面上他并未违反，而是在福建月港开设经济特区，允许沿海商民经此地出海贸易。之后的几十年里，福建月港迅猛发展，号称天子东南银库。从那以后直到明朝灭亡，世界上三分之一的白银都让中国赚走了，月港，在欧洲商人的说法里也有了个绰号，银泵。
朱载垕经济改革的突破口，放在了富庶的应天地区，任命大名鼎鼎的直臣海瑞就任应天巡抚，而后便闹出了著名的海瑞罢官风波。海瑞到任后，在当地遏制兼并，惩办豪强，兴修水利，推行新政，连退休阁老徐阶也被整得七荤八素，也终于闹得朝野震动。
但对这件事，朱载垕却采取了理性的处理措施，既下诏表彰海瑞，支持了海瑞的新政改革，又以调任海瑞做南京粮储的方式，及时叫停了海瑞的过激行为，确保了地方稳定。但海瑞本人却气炸了，不但辞官抗议，还上了一份奏折，指责朝野官员皆妇人。
面对如此激烈的攻击，首辅李春芳哭笑不得，不由自嘲说：“那我应该是个老太婆吧。”
朱载垕得知此事之后，也顺便调侃了下李春芳：“国事艰难，你这个老妈子可辛苦了。”
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