成吉思汗回到大营，听那护卫详细的报告，才知道谟罕默德的长子札兰丁，在他的封地哥疾宁带领五万的兵马，星夜兼程，前来撒马耳干，扬言要夺回国都。
他听完报告，便立即命令幼子拖雷率领兵马二万人，速去配合葛答里、牙撒兀几等人，务必将札兰丁兵马拦住，成吉思汗于次日下达了攻打城堡的命令。
这城堡背后是耸立的山崖，面对内城，城堡内有坚固的地下室，能容下数千人。于是成吉思汗让术赤担任主攻的任务，耶律阿海的炮兵队先用弩炮向城堡上的守军开火，把堡上的守军炸死了许多人。
接着又施放火箭，用发射器施放火焰，眨眼之间城堡上便燃成一片火海，守城士兵吓得全都躲进了堡内。于是术赤指挥蒙古士兵冒火冲进堡内，与敌兵展开肉搏战，双方拼杀得激烈。
此时堡内的阿勒巴儿汗率领一名敢死队员，冲出内堡，从术赤的士兵中间杀开一条血路，驰往玉龙杰赤去了。
为了尽快消灭堡内敌人，术赤接受耶律阿海的建议，对堡内施展火攻，同时在燃火的柴草中加进大量的硫黄、辣椒等。使堡内浓烟滚滚，气味呛人，迫使敌人一部分走出来投降，另一部分又撤进地下暗堡，不愿投降。
术赤派士兵提水灌进地下暗堡，由于暗堡内出水困难，堡内的军民坚持不住，只得走出暗堡投降了。成吉思汗让术赤派兵把城堡彻底的摧毁，又将几座清真寺也焚烧一空，大火一直烧了五天五夜，仍然浓烟不歇。
在最后投降的军民中间，按照成吉思汗的命令，把突厥人与康里人分开集合。因为突厥人与蒙古人为同一个种族，前者被赦免了死罪，而康里人全被处死了。
撒马耳干在这次战争中遭到了极大的破坏，全城被毁坏成一片废墟。在波斯语中，撒马耳意为肥沃，而干则是城的意思，所艾萨克马耳干便是一座肥沃的城。
在撒马耳干，到处是花团锦簇的公园，几乎每幢房子的前面，无论房子的大小，前面都有花园和院子，彷佛撒马耳干人全都是爱花爱草的人。城内水渠纵横，四通八达，为发展园艺提供了方便条件。每当茶余饭后，在座座公园里人群如织，大人牵着孩子，老人互相偎携着，一片宁静馨香的和平生活。
撒马耳干的能工巧匠，在整个东方都是很有名的。他们生产出交织银丝的织物，生产著名的撒马耳干织品，生产出供整个中亚的商人使用的帐篷。在锅商区内还出售各种铜器和精制的酒具，鞍具商区出售各种皮革马具，从喀什噶尔到设拉子，人们常常是争相购买来自撒马耳干的产品。
由撒马耳干的工匠们生产出来的一种布浆纸更加有名，它取代了当时穆斯林各国原来使用的纸莎草纸和羊皮纸，在工艺落后的那个年代里，这种布浆纸风靡世界，成为推动文化事业发展的重要商品。
因此撒马耳干是中亚地区的文化中心，在一个相当长的时间内，被人们看作是中亚的文化发祥地。随着成吉思汗西征的耶律楚材，曾在撒马耳干停留很长时间，他以河间为名写下了不少脍炙人口的诗篇。
有不少诗中赞颂了撒马耳干这座美丽的城市，在诗中，耶律楚材激动地写道：“绿苑连延花万树，碧堤回曲水千重。谁知西域逢佳景，万顷青青麦浪平。”
可是经历了这次战争之后，繁荣美丽的撒马耳干不复见了，它遭到了极大的破坏。耶律楚材又满怀悲怆，写下了《西域河中十咏》。
寂寞河中府，生民屡有灾。避兵开邃穴，防水筑高台。寂寞河中府，颓垣绕故域。城瑝连畎亩，市井半丘坟。西行万余里，谁谓乃良图。
为了厉兵秣马养精蓄锐，成吉思汗在撒马耳干境内度过了夏天和秋天，然后任命当地伊斯兰教长老的两个朋友为撒马耳干的知事和总督，派一个名叫帖布迈特里卜的蒙古人担任监督，治理当地的居民，管理全城的事务。
正当谟罕默德君臣、父子们在阿姆河西南岸的雷什特城，为抗击蒙古人一事在争论不休时，蒙古的骁将哲别已经率领第一支追击部队，来到了阿姆河北岸，准备渡河了。
阿姆河流经这个地区时，河面时宽时窄，此时正是秋末冬初的九、十月份，也是涨水的季节。哲别沿着阿姆河岸走了一段路程，便选定在班加普渡河，可是此处既无舟楫以渡水，也无桥梁以渡河，怎么办呢？
他向河岸不远处的一个山坡看去，只见那里绿树森森，不见天日，哲别的眼睛顿时亮了。
他立即命令兵将们伐木编筐，内置辎重器械，外裹牛羊兽皮，使之可以浮于水上，然后把皮筐拴在马尾巴上，赶着战马泅水过河。将士们可以抓住皮筐紧紧跟随在后面，就这样一万人马很快地渡过了阿姆河。此时大将速不台的兵马也赶上来了，两支兵马合在一处，登上阿姆河南岸，继续向南追去，不久大军抵达巴里黑城。
城内的守将深受谟罕默德畏敌怯战情绪的影响，为了保住自己的身家性命，主动向蒙古的军队投降。他们组织了一个代表团，携带着许多礼物，特别是进献了许多食品和钱币，欢迎蒙古军队进城休息。
哲别和速不台根据成吉思汗对归顺者可给予奖励的原则，对城里居民没有伤害，只给他们派了一名沙里纳，负责管理这个城市。然后又从城里找了一名向导，派一名将领作先锋，继续追击谟罕默德国王去了。
原
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