窝阔台在继承大汗之前，先由幼子拖雷监国，最终召开库里台大会推举窝阔台继位。拖雷汗时代加大力度对金朝的征伐，窝阔台继任大汗，征伐高丽王朝，消灭东真国，攻灭金朝。
按照大汗推举制与幼子守灶的财产继承的传统，幼子的拖雷继承了成吉思汗统治的中心区域和主要军队，包括了六十多个千户军，而作为大汗继位人选的窝阔台只继承了四个千户军。
正是这种亲中选贤的大汗推举制与幼子守灶的财产继承制，导致了蒙古汗国和元朝在汗位、皇位继承问题上的一系列矛盾与冲突，根据惯例，大汗死后，继位者必须经过宗亲、贵戚和勋臣参加的库里台推举。在这段汗位空缺时期，先可汗的幼子可以以继承人身份监国，同时负责筹备召开选举大汗的库里台事宜。
于是拖雷权任监国，掌握了当时蒙古汗国主要的军事力量和中央政府，成为当时蒙古汗国的实际统治者。当时的汗廷重臣耶律楚材倾向于立一个有才能的人做大汗，他一方面要求拖雷坚决执行成吉思汗的遗诏，另一方面又努力做当时的蒙古长王察合台的工作，希望他带头拥立窝阔台为大汗。察合台同意了这一个重要建议，在这次汗位继承问题上，耶律楚材发挥了关键作用，被窝阔台誉为社稷臣，从此更受到蒙古大汗的信任和尊重。
蒙古国逐水草而居，没有首都可言，和林作为蒙古汗廷，是直到窝阔台称汗之后才确立的。色楞格河南面，其西面有一条小河从南向北注入色楞格河，周围有平缓的山包，山上有茂密的树林，而城的东南方则是一望无际的大草原。这里有山、有水、有草、有树，既适于放牧，又是大草原上一处易守难攻的地方。
所谓的首都也不过是一座长约一公里，宽不足一公里的小城，城设四座城门，南北向与东西向两条大道交会于城中心并通向四门，城内建有大汗所居的万安宫，这是一座长六十米、宽五十米，由六十四根石基木柱支撑的金顶大殿。
窝阔台即位之初，确定了草原税制，规定蒙古民有一百匹马输牝马一匹，一百头牛输牝牛一头，一百只羊输羚羊一只，并定为永制。元朝建立后，原蒙古地区与东北地区由诸王统军镇守，直辖的腹地区以蒙古、探马赤军屯守，中原地区主要由汉军镇守，淮水以南主要是汉军与新附军。在军队的分布上，基本上采用了以汉人治汉人、以南人治南人的政策。
耶律楚材是一个不容忽视的人物，尤其是在窝阔台掌权的时候，耶律楚材利用自己在蒙古汗廷的特殊地位，对蒙古最高统治者的政策施加影响，促使蒙古政府由游牧奴隶制向封建制转化，对蒙古的发展做出了杰出的贡献。
蒙古贵族有个错误的观念，汉人无助于补助国家，可以掏空汉人的土地作为牧地。耶律楚材说：“陛下将要南征，军需所需的物资，都是来自中原的地税、商税、盐、酒、铁冶、山泽之利，年税可得到白银五十万两、帛八万匹、粟四十多万石，足以供给，何以说没有帮助呢？”
窝阔台尽管还不大相信，却要耶律楚材帮他进行征税，耶律楚材设立了十路征收课税所。提拔重用儒臣的耶律楚材认为，天下可以马上得之，不可以马上治之，要想治理好天下，必须重用儒生。成吉思汗虽然采取了一些重用道士、禁止杀掠的措施，但是并没有重用儒者来治天下。只是在窝阔台责成耶律楚材负责征收赋税工作时，才给他提供了一个提拔重用儒生的机会。
十路征收课税所的正副长官使用士人，并且都是宽厚长者，极天下之选。当时共选用了二十名天下著名的儒生，这是蒙古第一次大规模起用汉族知识分子做官，正是由于这些知识分子的共同努力，才使耶律楚材征收赋税的工作取得了可观的成绩。也正是在这种情况下，窝阔台才在中央正式设立了中书省，将更多的权力交给耶律楚材。
从而出现了蒙古宗王、将领掌军权，大断事官掌司法权，中书省掌行政、财政大权的三权分立的局面。直到这时，耶律楚材才由掌文书、管占卜的必阎赤变成了蒙古大汗名符其实的亲臣、重臣。
反对屠杀政策，保护百姓生命早在成吉思汗时，耶律楚材就不断宣传好生恶杀的道理，既反对蒙古军队的大肆屠杀，也反对州郡长吏，生杀任情。窝阔台南征金朝时，他又建议窝阔台下达了逃难之民，来降者免死的诏令。
金朝首都开封即将被攻破时，大将速不台派使臣到蒙古汗廷说：“金人抗拒持久，我军多死伤，再攻下城之日，宜以屠城。”
耶律楚材听到这个消息，立即驰马进宫禀奏：“将士征斗了数十年，所想到得到的就是土地与人民？光得到土地没有人民，有什么用处？”
窝阔台同意了他的建议，当时汴梁城共有一百四十七万人，正是由于耶律楚材的建议才得以保全生命。禁止掠民为驱口，在早期的征伐战争中，许多被征服地的百姓变成了蒙古贵族的驱口，沦为奴隶。耶律楚材力图改变这种状况，提出括户口，皆籍为编民。
禁止以权谋私西域各国实行的是一种由商人包税的扑买制度，后来一些西域和汉族商人要求把这种制度搬到中原，耶律楚材坚决反对。从表面看，用耶律楚材征收赋税的办法，一年才能征收五十多万两银子，加上其他收入，数目也不太大。而那些商人提出包税，一下子就上交国
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