安排好了一切就开始进入正轨训练状态，每天早晨神奇宝贝统一进行体能训练。所谓的体能训练就是不管是飞的、跑的、还是游的，飞到自己从空中掉下来，跑的趴在地上起不来，游的实在没力气飘在海面。
当然这个没有统一标准，不管你跑多远只要用完体力为止，虽然听起来有点残忍但是这毕竟是训练。
体能训练完之后是相互对抗，对抗是指潜龙特派的那些特殊的神奇宝贝所负责的队伍相互之间对抗，有的神奇宝贝就会找克到自己属性的对手进行对战，这也是时有发生。至于对抗到什么程度就算停止，那就是除了那几只负责的神奇宝贝外，其他的神奇宝贝最后只要有一个还有战力为止。
对抗之后彼此相互给对方上药，潜龙这样做的目的是让所有神奇宝贝对草药有个大概了解，虽然不求像吉利蛋那样精通，但是一些普通的伤口他们还是要会处理的。
上完药后神奇宝们几乎都是饥肠辘辘了，接下来的就是他们最期待的时刻，也就是开饭了。吃完饭后各自的首领带着自己的神奇宝贝队伍回去各自进行指导训练，最后晚上大家再起举行联欢会，让警惕的神经得到放松。
第二天继续昨天同样的事情，就这样潜龙和自己的神奇宝贝在那片基地训练了快三个月了。这三个月也是神奇宝贝们最开心的三个月，即便每天都是伤痕累累，他们依然开心。
这三个月中潜龙的神奇宝贝整体得到了提高，原本那些还没进化的几乎都已经进化了。【这里的几乎都里面不包括所有的神奇宝贝，毕竟还有特殊情况，或者在这三个月内进化了一次正在等待下次进化的到来。】
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