顾宪成奔走荐尚书，遭抨击郑澈病辞官。
吏部左侍郎赵用贤、左都御史李世达，户部右侍郎李祯三人相继去后，不少官员仍为赵用贤、李世达等抱不平，并已认定皆为王锡爵主使。行人司高攀龙、御史吴弘济、南京刑部郎中谭一召、主事孙继有、南京吏部主事安希范等纷纷上疏。如高攀龙上疏道：“辅臣王锡爵等迹其自待，若愈于张居正，查其用心，何以异五十步笑百步。”并指责杨应宿对阁臣阿谀献媚。
谭一召也上疏指责王锡爵自入阁以来无月不逐贤。安希范、孙继有等人也上疏再次为赵用贤、赵*南星、李世达、孙鑨、李桢等人求情。指责郑材对待赵用贤前后判若两人，实为无耻小人。后高攀龙、吴弘济、谭一召、孙继有、安希范等也遭部分官员上疏驳斥。
朝廷此时俨然已分为两派，早已偏离退婚一案而转为相互对立。两方彼此争斗不休直至十一月，高攀龙弹劾内阁阴谋打击部院，而皇上却事事唯内阁是听。杨应宿则弹劾高攀龙受顾宪成指使，吏部收受贿赂，专抗阁臣。
后万历皇帝下诏：“近来小臣不修本等职业，更关是非。该部院会同该科从实问他何以见得吏部有许多脏私。及高攀龙为顾宪成所使，亦问攀龙何以见得朕一事不管，亲批亲点俱出辅臣之意，明白参看来说，不许徇私党护。”
每当朝中上疏攻击阁臣之时，万历帝总欲严惩，王锡爵每每公开上疏请求万历皇帝从轻处事，以免朝臣总疑心其为指使。后高攀龙再度上疏：“窃近见朝堂之上，善类摈斥一空，辅臣何忍坐视至尊之过举，得毋内泄其私愤，而利于斥逐之尽乎”群臣再各自上疏争论，万历震怒，以朋党罪将两方核心人员任郎中、主事、言官者全部贬官外调，逐出京城。
王锡爵请见万历说道：“皇上，老臣反被侵权结党之名，纷纷得遣逐而去，其势将愈激而愈不平，人持一是非，家立一门户，恐皇上不胜其怒，而臣等不胜其争。皇上处之愈重，是愈驱使自附于攀龙、世达等，欲以明邪正而邪正愈乱。故不如依臣疏中平平发下为当，朝臣品性政事及建言有心无心，自当从容听公论余外。”
万历帝见王锡爵如此便施以宽慰道：“近来朝臣每每妒害，朕欲从重究处，卿反为救解，因此小臣益无忌惮，将朕亲批旨意诬为卿拟，再诬朕暴虐昏聩，妄肆诋诽，好生无状。卿不必在意。黄淮水患如何平复？”
王锡爵奏道：“河南救灾不力，大水过后必将饥民遍地，臣以为黄淮一带大难将至，朝廷及各省有司必需集中全力，臣愿担任督导之责，统筹一应所需，监察灾情。张一元已就任河南巡抚，其虽有才干但毕竟少经历练，臣举荐仪制郎中钟化民兼任河南道御史，主持救灾。”
万历帝问道：“钟化民有何才能能担此重任？”王锡爵答道：“钟化民幼即好学，多智计，天文地理，经济韬略无不通谙。久经地方历练，凡所到任之处，政绩颇高，百姓爱戴，朝臣感佩，居官勤厉，遍历八府，所至有声。必能担此重任。此外为多方筹措钱粮，臣请奏先暂时停止江南织造及江西陶器用度，减云南贡金，省出开支配合内库钱粮赈济河南。此次黄淮一带受灾之重百年未见，恰逢国库维艰，百姓朝不保夕，时刻仰望圣德普佑，臣请蠲免河南灾区原应缴纳赋税以安民心，臣愿率百官捐献官俸，也请皇上及太后能令宫中也有所表示，如此则天下无不深受感召，南直隶、浙江一带臣想也差人向当地商贾要求捐献。”万历帝准奏。
万历帝再问：“朝鲜的谢恩使是否返归？对册封退兵一事有何看法？”王锡爵答道：“此事朝鲜并不愿停战，也已对其告知，对其行为也有所申斥，臣观察朝鲜有暗自不满，且大明与倭国定纳降之时并未让朝鲜参与其中，也未全歼倭寇，臣猜测朝鲜应会如此。”
万历帝不悦：“朝鲜有何资格不满？所有的军队都不堪一战，朝鲜王也险被生擒。是朕的将士一直在奋战，是朕的将士替他收复国土。所谓请降也不是向朝鲜而是向大明，如今国土即将都要归还给他，倭寇也令其撤走，非但不该不满还应感激涕零，跪拜在朕面前才是。朕不需其千里来朝，也不要他一寸国土，如此厚恩朝鲜不知？令朕怀疑朝鲜是否有不臣之心。”
王锡爵道：“皇上天恩浩荡，朝鲜必能体会。据报倭军已陆续从釜山撤兵返回倭国，为防不测臣已令宋应昌留兵防守。”万历帝则令拟旨：“既然倭寇已撤，我们继续在那里也没有意义，传旨全军回撤，令宋应昌、李如松回京述职。”王锡爵领旨。
吏部尚书孙鑨引退，吏部左侍郎赵永贤归乡，吏部文选司郎中孟化鲤近期也因举荐被特贬为民的科臣张栋而被万历皇帝免职。吏部元气大伤，选贤补职一事也为朝廷关注。而王锡爵准备让礼部尚书罗万化转任吏部尚书并对此上疏举荐，此举却又再度引起吏部众多官员不满。
吏部文选司郎中顾宪成为此特意找来两名吏部都给事中朱爵、许弘纲问道：“二位都是正直敢言，忠君为国之臣。现今吏部堂官空缺，正是选贤任能之时。但内阁欲推举礼部尚书转任吏部尚书，不知二位有何看法？”
朱爵对罗万化赞道：“大宗伯素来受人敬仰，博学多才，若是转任吏部，似乎也并无不妥。”许弘纲问道：“不过大宗伯平日里与首辅交往甚密，顾部
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