万历皇帝听着司礼监给他念着各人的奏疏，疏中时而便有指责内阁或影射万历的言语，在听到孙鑨奏疏中的“今以留二庶僚为专权，则无往非专矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。”后，万历帝叫停说道：“是不是朕自登基以来对百官们过于骄纵了？臣子对君父含沙射影纲常何在？还当朕是十岁的孩子？这么多年来这么多事，朕忍了这么多年，这些人实在是………”
司礼监伏请息怒，万历帝说道：“孙鑨朕不理，他的奏疏朕也不看。那个袁黄朕也不在乎，平倭战事也不是非他不可。还有这么多各级官员保赵*南星，如此看来，主谋之人应当就是这赵*南星了，此人朕了解，清正刚直，只是志大才疏又心胸狭窄，狂愚之徒而已。既然他们肝胆相照，那朕也成全他们。传旨，赵*南星、虞淳熙、杨于庭、袁黄罢职为民；陈泰来降级发往边疆听用；李世达、王汝训、魏允贞、曾乾亨罚俸三月；李*长*春、曾同亨、孔兼、顾允成、张纳陛、贾岩、薛敷教等朋谋乱政，降sān_jí外调离京。”司礼监领旨。
内阁首辅王锡爵得知众人上疏中有提及自己，也上疏请辞得万历手诏说“朕因新春积火上升，两目疼痛，卿可即出，待朕火愈，诏卿面商国事。”万历皇帝因对王锡爵无比信赖，便将国事委于内阁。王府管事拜道：“老爷深受圣上信赖，恭喜老爷渡过此关。”王锡爵道：“老夫与皇上君臣相知，岂是孙鑨、赵*南星、李世达、顾宪成等人可比。并非我何等手段，而是皇上心意如此，快去备车，我需入阁议事。”管事受命出门备车送王锡爵往东华门而去。
后内阁三位阁臣谈及京察之事，张位贺道“阁部之争吏部完败，此后我等可尽心国事了。这孙鑨实在是顽固不化，通过此座轿一事可以看出，陆光祖职掌吏部之时，为缓解阁部矛盾总数预先嘱咐轿夫避开阁轿。而孙鑨不解其中奥妙，只遵循旧例。可见此人孤高而不知变通。”
赵志皋则无比忧愁，惴惴不安：“只是这争得有些大了，皇上一下就处置了这么多官员，他们定会认为是内阁阁臣从中作梗，引皇上大怒降罪。将来都会把这些帐都算在内阁的头上，阁部之争永无止境，如此国事如何可为？”
王锡爵答道：“赵阁老勿忧，这也是迫不得已之事，我虽曾反对张居正堵塞言路，不过时至今日倒也有同感。欲求天下大治，除君臣同心，更需令行禁止，朝野一致，需有非凡勇气与才能、气度才能做到。为此我已做好十分的准备。只要皇上支持，我自有助皇上再创盛世之能。”
赵志皋因而奉劝：“首辅宏愿也为天下士子之愿，只是此事万难，犹如逆攀高山，历朝历代无数人为此心血耗尽。大明至今仍有诸多弊政一时间难以解决，所以只能稳步经营，不可操之过急。以免适得其反。”
张位道：“赵阁老所言极是，我也赞成。首辅才华横溢，政才冠绝大明，皇上信赖，只需缓缓调理，假以时日必迎盛世，传君臣佳话。不过吏部将来必有报复，还得小心应对，另外此次皇上震怒，礼部、工部两部的堂官皆被罢免。堂官空缺皇上还会下旨公议推选，应当早作人选，看谁更能适任。”
王锡爵道：“多谢二位夸奖，我受之有愧。二位提点的是，有时确有急躁，不利国事。有关礼部及工部堂官人选，南京吏部右侍郎罗万化博学宏才，克己奉公，先帝曾钦点一甲头名，当时赵阁老也仅为第三，可推为礼部尚书，南京吏部尚书温纯历任河南参议、大理寺卿、浙江巡抚、户部侍郎，深通政务可推为工部尚书。”
赵志皋赞道：“嗯，此二人无论才学德行都堪称无可挑剔，天下尽知，若是此二人为礼部及工部的堂官，朝中应当没有异议，皇上也会称赞内阁秉公举荐。尤其是罗万化，因其刚直率真，多次得罪张居正，竟十年未得升迁，居正去后才得以渐渐升迁任职，朝廷也对其有所亏欠，此次礼部尚书一职非罗万化莫属。”后罗万化、温纯二人就任礼部尚书、工部尚书，朝中皆无异议，万历准奏。
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