十月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。
冯国璋持相反的意见，主张不要扩大事态。
段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。
明知唐不会离开自己的巢穴来京，这等同于下讨伐令，冯同样不予支持。
争论不下，最后冯作这样的让步。就是只讨伐滇军，不提唐继尧。
十月十七日北京政.府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
十月二十日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外五十里，但本人仍留在重庆。
这期间川军第二、三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。
十月三十日，北京政.府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。
十一月十二日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
十一月六日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。
十一月上旬，依附北洋集团的川军第二师和第一、第三师各一部，向川南靖国滇军发动全面反攻，下旬占领泸州、叙州(今宜宾)等要地，滇军节节向南败退，情况十分危急。
此时，中山先生已在广东召开非常国会，兴兵护法，唐继尧的靖国军也打出护法讨逆的旗帜。蔡锷任四川督军时委任的宁、雷、马、屏屯殖使兼宁远汉军统领张煦响应护法，张煦所部被唐继尧编为护国军第七军，和四川响应护法的其他队伍一道，也被称为四川靖国军。
为扭转靖国军败局，唐继尧决定以大部兵力坚守川南，牵制川军主力向川东机动。以第四军李友勋旅、第一军何海清旅，分出合江、永川，秘密进入江津，协同在綦江地区的黔军和四川靖国军，向防守比较薄弱的重庆方向进攻。试图切断北洋军援川的重要通道，孤立川南川军。得手后，再由东向西，与川南靖国军夹击川军主力，进而夺取成都。
十一月十二日，黔川靖国军由綦江分两路向重庆方向发起攻击，一度受挫，后在滇军协同下，夺取重庆外围部分据点。
十一月三十日，黔、川靖国军由重庆东南，滇军从西南夹击重庆。战到十二月三日，攻克铜罐驿、白市驿等要点，进迫浮图关。吴光新和周道刚等见大势已去，弃城逃走。
四日，滇黔川靖国联军进占重庆。嗣后，联军分三路向成都方向开进，协同川南滇军主力进击成都和反攻泸(州)纳(溪)地区。
此战史称“四川靖国战争”，以滇黔川靖国联军大胜，川军大败为结束。
十二月八日，北京政.府匆匆忙忙任命刘存厚为四川督军。因为这个时候，广州已经成为段祺瑞内阁的心头大患，段已经没有更多的精力顾及四川了。
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