江苏代表主张用五色旗，湖北代表坚持用铁血十八星旗，福建代表则提出青天白日旗最好。
大家争论不休，又各坚持己见，最后进行表决，多数人的意见是用五色旗。
那个时候，不少人还很狭隘地把反满的口号挂在嘴上，参议院多数人推出五色旗，重视民族团结和平等，这是很了不起的。
由于湖北的代表在决议做出后，仍然坚持使用铁血十八旗，受湖北影响，福建也不放弃自己的意见。参议院为平衡兼顾，在决定五色旗为国旗后，决定铁血十八旗为陆军军旗，青天白日旗为海军军旗。
孙中山更青睐青天白日旗，认为以五色旗做为国旗而觉得“未免失体”，同时也指出用颜色代表民族，取义也不够确切。请参议院对国旗决议进行复议，但遭至参议院的拒绝。
孙中山尽管不愿意，但受限于《中华民国組织大纲》的约束，只能按参议院的决议执行。
五色旗一直用到一九二八年，北洋政权的覆灭。国民党取得政权后，把青天白日旗确定为国旗。
关于定都之地，不但袁世凯和南方革命党人，各揣心腹事，参议院议员的意见也是不统一的。
有人主张定都北京，有人认为南京是最佳之地，湖北方面则认为武汉的地理位置在国之中部，是国都的最好选择。
在争执不下的情况下只能通过投票表决，结果北京获二十票，南京获五票，武昌获二票，天津获一票。
这结果和南方革命党几个领袖人物的意见相左，孙中山、黄兴大为震怒。他们召集议员中的同盟会员开会，统一立场。
第二天，孙中山依法要求对国都地点进行复议。
黄兴亲赴现场，对议员进行威胁，下令翻案，威胁：“否则吾将以宪兵入院，縛所有同盟会员。”
看来，即便黄兴这样的民主共和的斗士，当民主的结果不遂其心意时，也会对民主兴讨伐之师，也会把民主当成负担。
经吴玉章等人在底下反复疏通，最后以十九票赞成，十七票反对，勉强通过了定都南京的提案。
吴玉章（1878年12月30日－1966年12月12日），原名永珊，字树人，四川荣县人；杰出的革命家、教育家、历史学家和语言文字学家、新中国高等教育的开拓者。
他先后在成都尊经书院、泸州川南经纬学堂和日本、法国的学校读书。先是戊戌变法维新运动的拥护者和宣传者，后加入同盟会。积极参加了四川的保路运动和和辛亥革命。
一九二五年加入中国共产党，参加过南昌起义，派往过苏联、法国和西欧工作，参加过共产国际第七次代表大会等。早在上世纪四十年代就与董必武、林伯渠、徐特立、谢觉哉一起被誉为中国共.产.党著名的“延安五老”。
在南北方就定都南京和北京僵持不下时，黎元洪曾趁机提出建都武昌的主张，试图走第三条道路。
二月二十四日，湖北临时议院通过“以武昌为首都”的决议。
二十六日，《民生日报》发表了民社的通电：“建都问题，京不宜南已成舆论。参议院附和政.府少数人之私见，率定南京为临时政.府地点。既昧大势，复拂舆情，以吾党所绝对不可赞同者。际南北纷争之日，新旧暗斗之时……折中制定，莫若武昌……既涂除北京旧染之污，亦免蹈建业偏安之日。”
关于定都，黎元洪与湖北方面的意见是，坚决反对南京，北京可以商量，武昌最好。但黎元洪和湖北方面的意见，几乎没有响应者。于是，黎元洪又退了一步，提出国都先设北京，等条件成熟了再迁武昌。
在二月二十七日，黎元洪致电孙中山和参议院，指责他们坚持定都南京是“胶执成见”，指出武昌“居中驭远”，地势险要，交通便捷，能控制全国枢纽，最适合为国都的理由，最后提出鉴于赞成北京者日多，可暂以北京为权益之地，先在北京建立临时政.府，同时，“开辟武汉，建筑新都”，新都建成后即可迁移。
后来，北京发生了兵变，黎元洪敏锐的意识到，定都北京已经是不可逆转，遂通电全国：“顷闻京、津乱党操戈，首难虽平，余孽未清，祸变之来，将未有艾……时机万分危迫。舍南京不至乱，舍北京必至亡，……”和坐镇北京的袁世凯遥相呼应。
由此，民国初建时的国都之争，也就落下帷幕。
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