武装警察部队平时受内务部和陆军部双重管辖，战时受陆军部管辖，可以协助陆军部队执行轻烈度的军事行动，必要时甚至可以直接配上重武器上正面战场。因此武装警察部队虽然装备简陋，但是训练却一也不会轻松。
这次除增设了海军陆战队和武装警察部队，还商议了军事部门的设置及其职能的重新划定。之前陆军部和海军部就是一个大管家，既管指挥打仗，也管后勤保障和装备生产，这样既做不到大而全，也做不到一专多能，职能不清，平时还没多大问题，战时就会出状况。这次战争就多次发生了后勤不畅，通信混乱等诸多问题。
经过多方商议，程传民对军队进行了全面改革。设立总参谋部、总后勤部、总装备部。总参谋部又下设陆军司令部和海军司令部，负责全军的作战筹划、军事指挥和战备建设等工作。总后勤部负责全军后勤、卫生等工作，总装备部负责全军装备生产和配备工作。总参谋长由赵恒担任，刘长林担任副总参谋长，协助赵恒有关海军方面的工作。赵恒原来的副手郑成担任陆军司令，原远洋舰队司令慕容坚则担任海军司令，远洋舰队司令则由参谋长陈兵接任。王府卫队长章怀担任新组建的武装警察部队司令。
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