《机动战士3》里，男主带着幸存下来的人回到变成废墟的秘密基地。
男主几人意识到被内应出卖了。
红军以及大联盟军的埋伏以及围剿目标都太精准了，时间也掌握的太凑巧了。
男主几个来着蓝国的特种兵集中在一起商量怎么处理，男二提议将黄军剩下的几个战士全部逮捕起来，送去军事法庭去。
男主认为因为未知的卧底牺牲这么多战士的荣耀不可取，关键是黄军剩下的战士数量有十人，蓝军只有他们四个了。
没有办法再这件事上浪费精力，女一提议要跟黄军剩余部队分道扬镳，这个提议得到了几人的赞同，但男主否定了，提出了自己的主意。
众人商量完跟现任黄军部队的队长说，自己几人接到蓝国的命令，将前往下一个战场，黄军剩余部队交由这个队长带往下一个基地。
黄军部队的军人都知道自己这些人被放弃了，不过他们没有拒绝这个建议，队长知道自己这些机甲战士会拖累蓝军这些精英。
队长相信这些蓝国战士，因为他们在这场战争中为了拯救他们这些人已经牺牲了二人，在本可以撤离的情况。
关键的是，队长也清楚地认识到自己这支队伍里有一个敌国内应。
二支队伍分头行动，蓝国四位战士在黄军部队离开之后，以一种更隐蔽的方式隐藏在黄军队伍后面。
黄军在二军分开之后，在队长的带领下就朝下一个基地去。
在三天之后，黄军就遭到了敌军的袭击。黄军已经是强弩之末，而压垮众人的是队伍中有二名战士调转枪头往身边战士袭来。
只有八人的情况下，被一支40人队伍，以及二个叛徒团团包围，他们只是制式机甲如果没有意外，将在这里牺牲。
而就在这时，远处出现蓝国的机甲，四架机甲在40人队伍里面大杀特杀，这些制式机甲根本不是新型机甲的一合之敌。
四人队伍将40人队伍杀得只剩20来架机甲之时，远处出现红国新机甲。
在这场反包围中黄军被击毁了二架机甲。
主角几人看到红国来援军了，而且是十架的新型机甲，知道不能力敌，告诉大家准备撤离。
黄军队长将其中二架机甲的驾驶员抛给了蓝军机甲之后，带领剩下的四架机甲冲向敌军。
蓝国众人知道这是黄军怕自己拖累整体行军速度牺牲自己。
在黄军机甲的爆炸声中，蓝军众人流着泪驾驶机甲离开这里。
黄军幸存的二个是黄军随军的机甲设计师，一个中年大叔一个少女。
在一个空旷的戈壁下，六人围住火堆旁，少女说自己是这个被围剿基地主帅的女儿也是黄国天才设计师，这个天才设计师是大叔说的。
主帅在下命令前夕已经猜到基地有内应，但是不知道是谁，他没有办法，只能让唯一有战斗力的部队跟随着蓝国六人一起离开基地。
而大叔和自己女儿是黄国实力最强的机甲设计师必须跟上队伍才能有一线生机，也算给黄国留下高端人才。
主帅将自己留在必死的局里。
直到这个时候，蓝国四人才明白整个事情，因为敌方的后勤队伍的出现太够突然。
作为主帅的将军不可能不明白这是敌军的诱饵，但是将军也明白没有时间了，再多援军也救不了这个秘密基地了。
只有给人中计的感觉将自己这些部队派出来，也把大叔跟少女带走。
大叔告诉蓝国，他的老师以前给黄国研究一种新型的机甲，而那个研究所就在这片战场，而红国发动战争的原因也有一部分是这个原因。
众人在大叔的指引下，来到一个废弃的基地。
而追击多日的红军队伍也在慢慢的接近这里。
在这紧急的情况下，众人在研究所内部发现了大叔老师那未成品的机甲核心。大叔与少女接手研究所资料之后，发现了这个机甲核心的秘密。
这个机甲核心像动植物的基因一样拥有着自我进化的能力。
将这个机甲核心装进男主机甲之后，男主机甲发生了特别大的变化：推进器变成了背后的翅膀，电池也被强化，提供超高的能耗，武器也被升级。
蓝国与黄国各自最高的研究发明在男主的机甲上第一次融合，超高级的机甲也让操作难度大大增加。
男主从一开始陌生到如臂使指，作为整个星球年轻人里面手速最快的战士，男主确实有这能力。
男主驾驶这架机甲离开基地，带领着众人，击溃一个个小部队，最后最终决战。
男主以一敌十，将红军的新型机甲斩落马下。
最后是男主驾驶新机甲，带领着三个蓝国机甲拖延时间到黄军以及蓝军大部队的到来。
而男主新机甲在这场战争中发挥出的战力让红军以及大联盟心悸不已。
等到黄军缓过劲，组织起大部队反击之时，蓝军大规模加入之后，红军以及大联盟部队侵略脚步就停滞不前。
几个月之后以红军绿军大联盟投降结束这场战争。
一切原因就是男主新机甲在击溃红军以及大联盟部队的追击之后，新机甲就运回国内，由蓝黄二国科学家，以及机甲设计师一起研究。
在大叔以及少女的研究成功的让二国大批量的生产这种新机甲。
在新机甲大量入场，红国绿国大联盟在各个战场都开始败退。
三个势力的人民都站出来，抵制战争。
三个势力最后投降
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