两百年的等待很快迎来了属于“黑灵”的曙光，在各方面都对大厦系统有了全面的了解以及更为熟练地掌控之后，“黑灵”开始按照原定计划开始实施对人类群体内部的大规模渗透，由于原本潜伏在人类之中的感染者数量就有一定规模，这些感染者在大厦系统的指引下有意识地配合着“黑灵”的几乎每一次的复制行动，除了在后来的6区上海感染事件中所出现的变故，由于基因锁的突然性排斥，导致了原本已经潜伏许久的“黑灵”与被复制体的身体起了严重的冲突，导致了“黑灵”与宿主的双双死亡，死亡区域因为是在东方明珠塔附近，属于极为繁华的地段，“黑灵”没有足够的时间来掩盖此次事件，巧合的是，基因锁排斥事件在f层的另外几个不同辖区几乎在同个时间段一起发生，最终使得人类警方的介入，尽管在随后启动大厦系统抹去了一切有关于此次事件的一切资料，但既定的事实还是给人类以及联合政府造成了极大的影响与震动。
在其后“黑灵”内部对于这次事件的调查之中，最终没有得出导致事件发生的必然结论，或许是机缘巧合，“黑灵”在人类世界中终究还是留下了一点淡漠的脚印，尽管人类还不能看清脚印的幕后者，但似乎在联合政府内部高层已经嗅到了些许的不安定的气息。为了转移人类政府在此方面的注意力，“黑灵”借着此次事件所引发的一系列民众的抗议示威活动中，开始利用感染者掺杂在示威群体中，不断地进行煽动，使场面超出政府的控制。
为了进一步加快人类内部矛盾的爆发，在一次声势浩大的示威游行中，一位潜伏在人类部队中的军警假借走火的失误，刻意向民众中进行了所谓的“误伤”，从而一度引发场面的混乱，严重激化了当地民众与政府的矛盾，感染者趁机从中擀旋，最终导致了以陈岳鹏少校为首的反-政府军的武装起义，在接下来的几个月的时间里，反-政府军与联合政府的军队激战而不可开交，“黑灵”趁机在人类群体中大肆发展自己的势力，将感染者人数进一步扩大，感染者逐渐在人类群体中站稳了脚跟，在确认其势力已经足以应对人类政府的反击的情况下，为了使人类内部产生更为严重的内讧，“黑灵”文明开始有意地向人类政府暴露自己的存在，但却又不使其获得的情报足够准确与明显，同时又利用着舆论向大厦系统中的民众开始有意无意地透露着政府所隐瞒着的事物，在加剧社会恐慌的同时，进一步削弱政府在民众心中的威信。
但这么长的时间里，唯一令“黑灵”文明放心不下的就是当年人类最早的探险者陈天在第一次潜海行动结束返回地面后向人类政府提交的三份报告，尽管他只得到了一个国家的支持，但在他长年累月不懈的研究突破之后，他所研制成功的超大规模武器——星空战舰还是令这个高度发达的文明感到了压迫感。
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