到了这一刻，孙传庭终于放弃了平衡军队内部势力的努力，向崇祯保证他会切切实实的把皇帝的命令贯彻落实下去。
虽然在皇帝的支持下，孙传庭坐上了参谋总长的为止，成为了替皇帝掌握军队的第一人。可他毕竟不是将门出身，也同任何一个边镇无关，他唯一有所加成的身份，是进士出身的文官身份。
而在这个时空中，因为崇祯处理得当，陕西的流民没有变成大规模的农民起义，加上一批意志不够坚定的农民军领袖被杨鹤招安，而坚定的想要推翻朝廷的高迎祥等农民军又被洪承畴设计围歼，于是孙传庭也就不需要自告奋勇的出任陕西巡抚镇压当地的农民军了。
这样一来，孙传庭的军事能力也就不能如另外一个时空那样为人所知了。在现在的总参谋部和大明的军中将领来看，孙传庭不过是一个得到了皇帝欢心的文官，所以才让他越过了茅元仪和袁崇焕，成为了总参谋部的第一人。
由是，孙传庭在军中的声望远不及袁崇焕和茅元仪，越是远离京城的军队，背后越是不怎么敬畏孙传庭。在这样的局面下，刚接任参谋总长不久的孙传庭自然希望能够较为平和的处理此事，以避免地方军队中出现某些不可测度的变化。
但是崇祯既然在他面前已经下了这样坚定的决心，他自然也就把那点怀柔的心思丢在了一边。不过虽然已经和皇帝进行了彻底的沟通，孙传庭却也没有就此告退，而是站在原地犹豫了一会。
发觉了孙传庭的小动作之后，朱由检不由抬头问道：“卿可还有什么事想要同朕说吗？”
孙传庭马上顺着皇帝的询问说道：“臣的确还有一件事要想陛下汇报，在臣派人前往各灾区进行调查时，还发现了这样一些问题。
各地的守备部队受命封锁灾区各交通要道，前期灾情较轻时灾区的秩序还算稳定。但是后期随着灾情的不断加重，许多灾民被封锁在家乡，实在是饿的受不了，因此就出现了整村整乡冲击路卡的行动。
在这样的冲击路卡过程中，有些军官和士兵选择了放弃自己的责任，任由这些灾民通过了自己把守的路卡。现在这些军官和士兵被认为是违背了军令，擅自放弃了自己的职责，因此军事法庭准备对他们进行审判。
而另外一些军官和士兵则选择了向冲击路卡的灾民开枪，虽然他们阻止了灾民冲过自己守备的路卡，但是现在则被地方上视为屠杀良民的凶手，地方百姓要求军队处置这些杀人凶手，有一些下令开枪的军官因为难以承受这样的压力，甚至选择了自杀。
现在这些案子也送到了总参谋部，也有许多人为他们说清，或是向总参谋部进行控诉，臣希望，陛下能够给出一个指导意见。”
听完了孙传庭的汇报，朱由检把送到嘴边的茶盏又慢慢放回了桌面上，他默默的沉思了许久，方才叹息了一声说道：“不管是放人还是开枪，皆是事出有因。说到底，造成如今这种局面的，难道不是治理这个国家的人出了问题吗？如果要追究他们的责任，那么谁来追究我们的责任呢？我无法给你出什么指导意见，你回去后和众人商议后出一个方案给我吧…”
孙传庭一时也是无以应对，过了好一会才反应了过来，向崇祯请示告退，颇为沮丧的转身离去了。
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