不过，天方教在云南遇到了东南亚诸国最为强势的小乘佛教的挤压，在西北则是西藏密宗的打压。在西域则是被同教势力所敌势。在这个物资匮乏的时代，可没有什么天下回回是一家的混账话。农业时代的信徒能供奉的财物就这么多，供养本地的阿訇就已经很吃力了，哪里还有余粮给养外地来的阿訇。
因此，为了能够维持住对本地信徒的控制，此时大明的天方教上层人士倒是极为忠诚于皇室的。因为他们知道，只有获得了皇帝的认可，他们才有正统的名义去控制这些教众。利用宗教信仰，驱使信徒尊重皇权，再利用皇权的威严，加深阿訇对于教众的权威，这正是君权神授的实质。
不过朱由检却很清楚，这种忠诚是维系在农业时代闭塞的信息和交通基础上的，随着大明打开了国门，开始和整个世界进行频繁往来贸易之后，国外天方教的各种思潮就会流入进来，到了那个时候，没有完全中国化的天方教又会退缩回去，变成更为极端保守的原教旨主义，从而给大明带来极大的麻烦。
所以他利用王岱舆等钦天监官员，准备为大明的天方教徒修订一本中文版的经书，以此来驱逐、防备那些外来的经义。
“…另外，牛街天方寺改名为北京天方寺，新教义颁行之后，礼拜方向都要改为北京，每日礼拜早晚各一次即可。如果有人依旧要照着旧方式礼拜，就要另外征收一份十一税给予当地的天方寺，并注明此人为非正信徒。
你们五人，还有之前编撰经文的人员，自今日起调入民族和宗教委员会任职，开始推行新教义。你们五人今后为世袭之天方教教长，王岱舆为大教长。今后大教长若是出缺，即从你们五家中推荐人选，再由皇帝钦定…”
待到皇帝说完，王岱舆终于忍不住大着胆子说了一句，“陛下乃是天下之主，为天方教制定规则，本是理所应当之事。不过天方教的礼拜方式，乃是千年之前流传下来的，若是让教众们更改掉，会不会反而引起哗然？”
朱由检笑了笑问道：“天方教义最基本的是什么？”
王岱舆不假思索的回道：“万物非主…”
朱由检马上回道：“既然你也知道万物非主，不立偶像。固定礼拜的方向和次数，难道符合万物非主的教义吗？先知让你们不立偶像，就是怕世人被神棍所蒙蔽，最后沦为迷信。固定礼拜的方向、次数，把前往麦加朝觐视为功德…这和其他宗教竖立偶像有什么区别？
只不过，他们崇拜的是偶像，你们崇拜的是规矩。这哪里还称得上是遵守了万物非主的教诲？朕今日再给你们加上一条，50之前不得前往麦加朝觐，未经大教长批准不得前往麦加朝觐，迷信者不得麦加朝觐。
若是有人违背这三条训令私下前往，该人不得回返中国，有敢偷回中国者，绞。知道他人私下前往麦加朝觐而不告发之信徒，同罪。”
王岱舆没有想到自己多问了一句，居然让皇帝如此动怒，便不敢再多说什么。在大明皇帝面前，强调任何皇帝无法干涉的规矩，这显然不是一个明智的想法。
见到王岱舆的主张被驳回，杨光先等人就更不敢说什么了，他们的学问还不及这位新科大教长呢。再说了，好不容易被皇帝重新安排了职务，他们也并不想触怒皇帝，回去家中无所事事。
朱由检看着面前唯唯诺诺的五人，这才放缓了语气说道：“你们调入民族和宗教委员会之后，便各自分派一下，各自前往云南、河南、陕西、甘肃、宁夏进行纠正偏信和迷信。
另外，叶尔羌汗国这两年内部争斗，导致了一些吐鲁番百姓逃亡到了肃州一带。王岱舆你和杨光先一起前去肃州，一是协助当地官府安抚那些投奔我国的吐鲁番百姓；二是看看这其中可有什么可用之人，并向他们了解叶尔羌汗国内部的情况…”
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