另外，在军队中有37名中下级军官被判定为叛国，将予以处决，其中有5人来自于祖大寿的家族。另有147名军官被评定为意志软弱，被建议强制退役或是调出边军体系…盖上了文件之后，朱由检沉默了一会，才开口问道：“祖大寿最近的表现怎么样？”
吕琦想了好一会，才确定的说道：“祖将军自从调到京畿以来，在工作上循规蹈矩，并无什么出格之处。私下里正在京城挑选地方修建宅院，并无什么不妥之处。”
朱由检敲了敲桌子，便决定了下来，“你去将这份文件交给祖大寿看看，问他对于这份肃反的结果可有什么个人意见？其他的不必多说。”
吕琦答应了一声，拿回文件之后又说道：“后金那边还发给了大本营一个请求，希望能够派出一名使者前来沟通，为此前两国的冲突作出一个和解，从而实现双方真正的和平。孙先生的意思是接受，不过满桂等将军认为这是后金的计谋，应当直接拒绝。孙先生也专门为这件事发了一份函件，希望陛下进行裁断。”
朱由检想了想说道：“后金既然已经退兵，那么这件事就不算是战时事务了。令孙先生带着大本营回京，准备解散。至于后金想要派人前来沟通，回话：可以同意他们派人前来，但必须不低于旗主贝勒的身份，随行人数不得超过30人，我国会确保他们的安全。不过谈判将会在京城进行，谈判的人手朕会亲自安排。”
吕琦默默的记下之后，再次说道：“皮岛毛帅上书请罪，曰：此次后金入侵宁锦事发突然，因而东江镇未能及时出兵牵制，请陛下进行惩处。
旅大总兵孔有德、副总兵耿仲明向朝廷上书，后金入侵宁锦时，正蓝旗贝勒莽古尔泰亲自带着大军进攻金州和大连。金州城在久战之后失守，但是依仗着金州城南南山修建的三个炮台和五个堡寨组成的南山防线，最终还是挡住了正蓝旗的大军。旅大军损失将士769人，建虏也丢下了三百多具尸体，其中有真鞑子30余人…”
朱由检颇为意外的问道：“毛永诗、毛有杰恢复本名了？”
吕琦谨慎的回道：“去年朝中流传出毛帅想要同后金言和，据岛反叛大明的传言后，毛帅除了上书自辩之外，还要求那些调离了东江镇的将领一概恢复本名，以表示他并无反叛之心。毛帅的义子孙中，孔有德、耿仲明便是最先改了名字的几个。”
朱由检笑了笑说道：“被朕抽调了这么多人出来，毛帅能够守住东江镇的地盘已经算是不错了。现在东江镇的力量分散在了济州岛、旅顺-大连、海参崴、庙街和库页岛，哪里还有深入辽东的力量。
替朕拟一份信件，好好安慰一下毛帅，只要东江镇能够存在，对于大明来说就是最大的贡献，让毛帅稍安勿躁，就不要同年轻人争夺功劳了。
另外让总参谋部派人前往旅大视察，一是要复核军功，抚恤将士；二是调查旅大、金州的地形，在稳固了旅顺口的防御之后，将防御重点向北推进，加固金州和大连湾的防御。
如果金州可以建成一个要塞区域，那么它身后的大连和旅顺就可以进行安全的进行生产工作了。要求旅大军裁减一批老弱，在旅顺附近屯田打鱼，以解决军队的一部分口粮问题…”
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