为此朱由检不但处罚并免去了几位管库太监的职位，并责令管理库房的太监首领拿出一套管理库房的规章制度出来。此外还废除了司礼监太监们，随意任免宫内其余二十四衙门管事太监职务的权力。
原本宫内二十四太监衙门的首领太监的任免都出于皇帝的喜好，而首领太监以下的职务则是由各衙门首领太监自己决定。但是神宗之后，二十四衙门的人事权力就渐渐落在司礼监手上。
这也造成了司礼监宫内一家独大的局面，这对朱由检来说完全是不可容忍的。是以他借着内承运库管理的乱象，干脆的剥夺了司礼监任免宫内人事的大权。
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