起义的群众一度达到10多万人，震动了甘肃全省。
杨昌濬紧急命令甘肃的各路淸军前往起义的发生地作战。但是，清军穷于应付，到处败北：先是河州镇总兵汤彦和的军队在夹塘湾（今天甘肃省临夏县新集镇）全军覆没。西宁镇总兵邓增的部队在赶往循化的途中甘都堂（今天青海省化隆县甘都镇）被起义军围困并击败。河州提督雷正绾的军队也被起义军包围，情势危急。
随后，大通营、甘都营相继落入起义军的手中。
巴燕戎格厅、大通县城的形势也非常紧迫。
杨昌濬命令甘肃提督李培荣从平番（今天甘肃省永登县）经碾伯县进兵西宁。
李培荣攻击西宁的东大门大峡，打败了驻守在那里的起义军。
李培荣走到东营堡（位于今天青海省海东市平安区境内）附近，与起义军的援军不期相遇，展开了一场鏖战。
双方殊死搏斗，阵亡了3100多人。
东营堡横尸遍野，血流成河。
李培荣突围成功，占领了平戎驿（今天青海省海东市平安区）。
朝廷因为杨昌濬镇压不得力，将他革职遣返原籍，另外征召喀什噶尔提督董福祥速去督办甘肃军务。
董福祥是镇压回回反清起义军的老手。他率领部队从北京日夜兼程，驰援甘肃。
11月中旬，董福祥抵达河州。
他继续采用百试不爽的“以回治回”的老办法，先利用马福禄与马永琳、马永瑞的关系诱降了兄弟俩，然后杀害了他们全家人，又利用马安良和马海宴的关系诱降了韩奴勒。
马万福在马安良和董福祥清军到来之前就投降了。
董福祥的军队从北京带来了先进的欧制新式武器毛瑟枪和雷明顿散弹枪，相对装备不过是可怜的冷兵器和前装式枪支的起义军无疑具有压倒性的优势。
马安良率领剽悍的骑兵在牛心山打败了起义军。起义军的鲜血染红了他的的官帽。
马永琳和他的儿子以及600余人被俘，随之遭到了斩首，耳朵也被切下。他们的头颅被马福祥和马福禄用来装饰自己的办公场所。
12月4日，马安良解除了起义军对河州的围攻，随即率领着骑兵前往循化，屠杀那里已经答应与朝廷协商的撒拉人起义军。
董福祥驻扎在河州城，命令马福禄等人在循化办理善后。
循化的反清斗争宣告失败。
韩苏莱曼亲眼目睹了循化起义的始末，血淋淋的现场告诉他：妻子是正确的。
1896年年初，西宁又出现了起义的险情。
朝廷给董福祥发来数份加急电报，催促他亲自前往西宁府督剿。
董福祥立刻命令何得彪、张铭新首先开拔西宁府。
马安良随即派遣4个营的兵力包围了西宁。
西宁的起义军进行了顽强的斗争。因为清军的兵力巨增，枪炮精良，起义军占据南川的五堡被清军攻破。
起义军还占据着北川的后子河、长宁堡、那林量、苏家堡等地。苏家堡是北川起义军的中心。这里的堡垒非常坚固,兵力也很雄厚，有步兵和骑兵约4、5万人。若将周围30余座小堡的兵力计算在内总兵力在6万人左右。
刘四伏是苏家堡起义的领导人。
1896年正月初七日，董福祥的甘军和湘军开始进剿西宁北川。
起义军面对20余营清军的汹涌攻势,英勇抗击,终因力量悬殊,堡垒相继被清军攻破。多巴、北大通、米拉沟、巴暖营等处的起义军据点也相继失守。
农历5月21日，董福祥抵达西宁府。
他大致了解了西宁的情况以后，增派新锐部队集中兵力重点进剿，又以马福禄担任南路劝降，以马安良担任北路招抚，崔伟等往西路分化起义军。同时，他北联新疆的清军，南结四川的联防，西约藏蒙的王公贵族，共同商定外堵内追、速战速决的方案。
7月，下三庄的起义军败走东川，无一幸存。
8月2日，清军再次开展大屠杀，仅在一个地方就杀害了8000人，女性被转卖为奴隶。
多巴城有400左右的回教信众没有参与起义，并且一再表示效忠朝廷。
一天，丹噶尔的一个汉人男子和他的回回妻子发生了争论。
妻子故意吓唬丈夫道：“多巴的回回人要来袭击我们丹噶尔城。到时候，他们会给回回人发信号提醒躲避，还焚毁山顶上的寺庙呢。”
这个男子一听吓坏了，赶紧向官府汇报了妻子说的情况。
第二天凌晨，这些多巴回回人全部被清军在梦乡里杀害了。
9月的一天，起义军从西宁的东大门小峡再次扑向平戎驿，遭到了失败。
没有过两天，起义军再度包围了平戎驿。
清军用洋枪射杀千起义军，还用开花炮轰击。
起义军大败。
董福祥率部与邓增等部合力征战，攻取上五庄(湟中县以梆巴村为中心的5个村庄的总称)和下三庄的堡寨，屠杀2000多起义军。
西宁各地的起义基本上被镇压下去了。
起义平息以后，董福祥命令部下马福禄处理河湟善后。
马福禄率领安宁军屠杀了近3万的回
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