肃州城里原有居民5万多人，经过9年的战乱只剩下了数千人。
阴历九月二十三日的午后，左宗棠下令将马文禄等9个部将斩首，其余的起义军士兵大多予以遣散。
陕甘起义军仅存的最后一个基地经过马文禄长达9年的坚守最终沦陷了。陕甘回回人反清的大起义就此拉上了剧终的大幕。
这场战争给陕甘两省的人民造成了巨大的灾难和伤害。
战前，陕西的人口为1394万，甘肃的人口为1945万人。在战乱、灾荒和瘟疫的蹂躏下，陕西损失的回汉人口达622万人，甘肃(包括今宁夏、青海西宁市和海东市)损失的回汉人口接近1400万。清军在金积堡杀害5万多人起义将士，在西宁杀害了近1万人，在肃州杀害了2万多人……
朝廷对陕甘反清起义军采取了历代封建王朝的的旧模式“斩草除根”。1867年10月份，刑部主事王柏心还在激战犹酣的时候写信向左宗棠出谋划策：“我认为要除掉回回人中勇敢和狡黠的人。剩下的既然不能全杀光，等到他们畏惧投降以后，派军队将他们迁移到西宁、甘南或者延安、榆林的边外，单独设立回回村，不能与汉人杂居。”
他建议道：“挑选他们中忠诚老实的人组成维持队自己管理自己，以后不要再出来生事了。这样就可以保证长治久安了。”
正如王柏心所言，朝廷对参加起义的群众强制进行发配性的迁徙。朝廷把1万多陕西起义军的亲属强行安置在平凉与华亭交界的化平川、圣女川等地，稍后又把3000多甘肃起义军的家属押解到附近的荒凉之地。朝廷还分两次将3万多关中回回人迁移到甘肃的平凉、清水、秦安、安定等偏远地区，把肃州城里支持起义军的回回老百姓全部赶出了城市。
被强制迁离家园的老百姓的家资和田产或者充公分配给他人，或者放上一把火烧毁。当老百姓提出返回原籍的正当要求时，朝廷严厉地表态：“概不准逆贼再行入境。”
安置在战乱中流离失所的老百姓，同样是到处安插，却采取了不同的标准：汉人可以在靠近城市和道路等生活方便的地方安家。回人必须要打散安置，以便达到拆散族群、孤单势力、没收权力的久远之图。
起义军的亲属被强行安置在自然条件较差荒僻和偏远的地区，多半在“贫苦甲天下”的甘肃中部干旱地区，甚至是干旱地区中条件最恶劣的山川。这里气候干燥，土地贫瘠，水源匮乏。一贫如洗的回回老百姓来到这里，只能在山坡上挖个窑洞栖身，苦寒无比。
马占鳌不仅协助清军扑灭了西宁和肃州两地的起义，而且忠实地履行朝廷代理人的职责，一家独大。马占鳌和他的后代是除朝廷之外镇压起义军最大的受益者。他和马海晏、马千龄等人一同收编为清军的河州镇马队，担任了指挥长官，归属董福祥的甘军。去世以后，他的职务由儿子马安良接任。
马海晏在平定西北各地的起义中也是屡建战功，升为副旗。他的两个儿子马奇、马林和孙子马芳后来先后统治西北，权倾一方。
民国期间的宁夏马家军和青海马家军的兴起，都与马占鳌和马海晏有着直接的关系。确切地说，马占鳌和马海晏为马家打开了通向权力的大门。
与此同时，俄国依靠先进的火器和制度上的优越性，控制了哈萨克草原，征服了乌兹别克人建立的浩罕、布哈拉和希瓦3个独立汗国，最后渡过阿姆河，控制了土库曼人的家园，与英国私分了塔吉克人和吉尔吉斯人的帕米尔高原，完成了对花剌子模故地390万平方公里的征服。
俄国和大清两大帝国瓜分了中亚和回疆地区。
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