乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝严厉责备福康安袒护亲戚，本想从重治罪，但因平定林爽文有功，从宽免其深究，只传旨严行申饬。林爽文起义失败以后，福康安于乾隆五十三年（1788年）二月继续督兵赴南路镇压农民军余部，将农民军追至台湾最南端的郎峤，水陆并发，将南路起义军首领庄大田俘获。至此，台湾的农民军被全部镇压下去。清廷命于台湾郡城及嘉义县为他各建生祠塑像，在紫光阁绘二十功臣图像。当年，福康安即调任闽浙总督。
乾隆五十四年（1789年）正月，因越南滋扰广西边境，乾隆又将他调任两广总督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培，用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，乾隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。可见和珅、和琳兄弟与福康安居对立之势，乾隆帝对此自有处理办法，使这一文一武之臣都在宠渥之中。
乾隆五十三年（1788年），廓尔喀以西藏当局征收贸易税太重为由，派兵入侵西藏边境。乾隆五十六年（1790年），廓尔喀又再次兴兵，直犯班禅额尔德尼驻锡的日喀则，而驻藏大臣保泰临阵退缩，竟想把dá_lài和班禅移至青海。清廷闻报，即派福康安为将军，与参赞海兰察、奎林（福康安堂兄）率巴图鲁侍卫入藏，迎击入侵的廓尔喀。九月二十九日，福康安自京启程，由山西、青海一路驰驿赴藏。翌年正月初三到达青藏边界，正月二十日抵拉萨。从西宁至拉萨，全程四千六百里，途中步行六十天。
福康安抵藏后，乾隆帝命他迅速出兵作战，不使廓尔喀军队有喘息之机，以尽快收复失地。福康安在各路人马到齐后，即行进剿。乾隆五十七年（1791年）四月二十七日，福康安由今西藏南部边境的第哩浪古进兵，五月六日行至擦木附近，福康安乘夜色潜兵进攻，兵分五队，两路深入敌寨左右山梁堵截；二十八日，终于攻克防守坚固的碉寨，夺取了擦木。
攻下擦木之后，福康安所部军队直趋济咙。五月十日，福康安分兵出击，成功地占领济咙的廓尔喀军寨子，收复了济咙。至此，清军廓清了自擦木至济咙边境的廓尔喀军。
乾隆五十七年（1791年）五月十三日，福康安又率军由济咙出发，沿路攻打敌寨，直抵距阳布一百余里的雍雅（今尼泊尔境内）。廓尔喀举国震惊，因此乞降。福康安至热索桥以后，以为抵阳布必将“势如破竹，旦夕可奏功，甚骄满，拥肩舆挥羽扇以战”，自比诸葛亮，于是士兵也产生懈怠思想，廓尔喀军趁机而入，因此清军也伤亡惨重。廓尔喀国王表示退回在扎什伦布寺劫掠的财物，今后再不侵犯西藏。这次入藏征讨廓尔喀的胜利，保证了清朝边境的安宁和西藏社会的稳定，成功地维护了清朝国家的领土完整。
乾隆帝对征廓尔喀之役的主要统帅福康安亦倍加赞赏，于是实授为武英殿大学士，加封忠锐嘉勇公，福康安被列为首功之人。在乾隆五十七年十一月又将福康安授为领侍卫内大臣，并照王公名下亲军校之例，赏给六品顶带蓝翎三缺，令福康安于其得力家人中，酌量给戴，以示宠异。
乾隆五十七年（1791年）七月，清政府为了加强对西藏地区的管理，命福康安会同八世dá_lài、七世班禅等西藏宗教首领共同筹议办理西藏善后事宜，双方经过会商，共提出一百零二项条款。次年正月，经清政府修订为二十九条，即《钦定藏内善后章程》，改革并充实了多项方针，加强了驻藏大臣的职权和地位。
乾隆六十年（1795）二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。福康安、和琳采用剿抚并用的措施。九月，吴半生被俘获。十二月，吴八月被俘。初战告捷，乾隆帝破格封福康安为贝子，他是第一个宗室之外，活着被封为如此显爵的人。
由于长途跋涉和紧张作战，福康安病倒在军中，但他仍继续督战，终因积劳成疾，于嘉庆元年（1796年）五月，病逝军中。同年六月，石三保被诱至坳溪被俘。起义领袖相继遇害，起义军开始失利。九月，额勒登保代替先后病死军中的福康安与和琳为统帅，调集重兵围攻起义军，至十二月，起义军的最后据点石隆寨失陷，石柳邓战死于贵鱼坡，苗疆至此平定。乾隆帝万分悲痛，追封福康安为嘉勇郡王，配享太庙，并建立专祠以致祭。
(本章完)
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