随即关闭城门，开始查编户口。男子二十五人为一牌，年龄从二十至五十者称“牌头”，二十以下五十以上者称“牌尾”，五十以上者称“老家伙”，年幼者称“娃崽”，所有牌头充入太平军，共建九十五军，主力者每军五千，其余每军两千五。二十五人为一馆，所住之女馆不准男子入探，父女、夫妻也只能在馆外言语，违令者斩。天京几十万户财产全部充公，得金银千百万两，粮秣无数。
二十六日（夏历二月二十二日），殿前左一指挥罗大纲、木官正将军吴如孝击败江苏巡抚杨文定，占领镇江。二十七日（夏历二月二十三日），李开芳、林凤祥攻克扬州，截断了江南漕运，天京水路畅通无阻，再无强敌。
不久之后，左二军移师城东，新的驻地在大东门，又叫朝阳门，太平军自攻占满城之后，便由刚升任左三检点的朱锡琨驻守，同守朝阳门的还有殿右五指挥陈宗胜。朱锡琨是金田起义老功臣，王靖元虽然不知道他打仗怎么样，但可以肯定的是朱锡琨绝对比林绍璋强。太平军攻克天京之后，选择了集中最精锐的林李组合兵逼扬州，扫清长江沿岸的清军，而忽视天京城四周的要隘。就在左二军进驻朝阳门之后数天，清军钦差大臣向荣及部下张国梁提兵两万自武昌追来，占据城东二十里的沙子岗，从秣陵关绕往南京城东，后又在孝陵卫建营垒寨，牢牢控制住天京城的东面。清军高层迅速察觉到孝陵卫的重要性，浙江、苏南来的援军在此聚集，数万大军扎营十九座，连绵数十里，妄图包围天京，封锁太平军。当太平军高层发现清军的诡计为时已晚，精锐尽出，剩余兵力不足以将向荣的数万大军连根拔起，只得任其在天京城下耀武扬威。三月十二日（夏历三月初九日），清钦差大臣琦善也带两万军队赶到扬州城外，形成对扬州的攻势。
陆建瀛身死、太平军定都消息传至北京，咸丰皇帝气得咬牙切齿，下令广西官府将洪秀全、杨秀清等太平军头目三代祖坟尽行发掘，抛尸露骨。同时任命怡良为两江总督，到任之前，由江苏巡抚杨文定暂时代理。令钦差大臣向荣由长江南岸相机沿江下剿，并设法保住苏州、常州，钦差大臣琦善琦善、直隶提督陈绶金严防江北。因担心太平军向北挺进中原、直捣北京，又令吉林、黑龙江两省各调兵力二千，直隶调密云兵一千，赶赴北京预为防守；调绥远、宁夏兵各二千人赶赴淮阳一带，交由正在江北筹办防堵的四川总督慧成调遣。调陕甘兵四千赴山东、江苏交界处加强防守。授胜保内阁学士，随钦差大臣琦善帮办军务。命工部侍郎吕贤基回原籍安徽办理团练防剿事宜，给事中袁甲三、翰林编修李鸿章等随之襄理军务。
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