为了尽快修补被共工破坏的轮回井，以及吸收破坏之神共工的强大怨念，女娲从外太空将另一九天神物混元珠带入神话大陆。这混元珠为万宝之首，含有诸天宇宙初始本源之动力，亦为九天十大神器之首。
女娲借了这三件神器之力，调动天地之灵气，成功炼出五色石，很快完成了补天的任务，亦修补了轮回井，并将水神共工的怨气炼化吸纳于混元珠中。
之后女娲又以天灵珠创造了天元界，以地灵珠创造了地灵界，以混元珠创造了异魂界，整个大陆由天元界、地灵界、异魂界三界组成，三分天下，并以中央的天荒不老城与三界边境相连，方得相通。
女娲用天、地灵珠以及混元珠的力量作为三界的生存之源，将三颗灵珠封印藏匿在三界与中央天荒不老城边界处交叉放置，形成了三方相互制约的三角形势，使神话大陆达到了短暂稳定的平衡。
然而在祝融和共工战争中死亡的生灵，因无处轮回，形成了残留在世间数以万计的强烈恶识，无形无影，终日徘徊：“为什么盘古创造了我们，却又任由我们毁灭？我们生灵之命的意义究竟是什么？为什么我们的命运要由盘古来决定？为什么我们不以替代盘古，做这个世界的主宰？！”
万恶之怨念聚集，无处轮回，不断寻找寄生的载体。当女娲用五彩土聚天地之灵气炼化补天之时，恶识万念也混杂其中，在炼化过程中终于实化成一缕实质，偷偷从五彩石上剥落，遁入五彩土中。由这万种恶识怨念汇聚而成的，便是魔王波旬，就这样悄悄地在神话大陆上诞生。。。
魔王波旬感应到了混元珠强大的能量，顺着这些能量寻找，终于在地灵界的某处，找到了被女娲隐藏封印的混元珠。他潜移默化，历经长久的岁月变迁，终于侵蚀了封印，得到了混元珠，开始吞噬混元珠中蕴藏的能量。而混元珠感应到了波旬身上邪恶能量的吸引，竟大放异彩，强大的力量顿时向魔王涌去诸天宇宙初始本源之动力，以及破坏神共工毁天灭地的破坏神力都涌入其中，使魔王波旬极速地壮大，又几乎要将他冲破撕裂成碎片。。。
还好这时女娲及时发现封印被破并从天而降。女娲抢回魔王波旬手中的混元珠，发现混元珠内的破坏神力竟有了元神在控制，而这个元神她非常熟悉，那就是水神共工的元神！水神共工的元神随着破坏神力附身在混元珠上，魔王波旬的出现和吞噬唤醒了沉睡的共工元神，水神的破坏神识也随之觉醒在混元珠内。
吞噬掉混元珠中大半破坏神力的波旬变得非常强大，而共工的元神却在女娲手中的混元珠内躁动不安，女娲发觉波旬与混元珠里的共工元神意思联盟正在建立神界至高无上的毁灭契约，为了中断最为可怕的毁灭契约，情急之下，女娲将混元珠吞入腹中，以神之躯体直接跳入了修复不久的轮回井。
魔王波旬为世间纯恶的意识怨念所炼化的杂质而生，本不在轮回之内，不敢跳入轮回井中。为了找到混元珠获得更多的宇宙初始本源动力和破坏神力，他找到了进入轮回的方法将自己的意念附着在人的灵魂中，随着灵魂的轮回而转世。这些转世的灵魂虽然没有波旬强大的魔力，但都带着波旬独有的标志恶念和一些特殊的超能力。这些灵魂带着波旬的意念和寻找混元珠的使命，出现在不同的朝代，不断地掀起腥风血雨来满足和实现波旬强大的意念。
而随着混元珠的消失，地灵珠也神秘地消失了。地灵界、异魂界开始动荡不安，灾害频繁发生，灵力开始枯竭，地灵界、异魂界都需要更多的神器和宝物才能补充创界之珠消失所带来的灵力流失，维持种族的生存。看似平和的天元界也人人自危，时刻担心其他两界来抢夺天灵珠。
由于地灵珠和混元珠消失，只有在天灵战场上能够依靠打出胜仗而得到天灵珠的庇护，越来越多的人神魔龙开始在神话大陆之中为争夺天灵珠的神力而战。终于，三界大战打响。至此，持续数千年的“圣战”就此爆发。
地灵、异魂、天元三界大战硝烟弥漫，地灵世界洪水肆虐，瘟疫蔓延，民不聊生；异魂世界妖兽横行，灵力枯竭，异族侵袭；天元世界地势陷落，仙神堕天，天劫不断；神话大陆之婆娑众生，岌岌可危。
而便在此时，却有一日，神话大陆中央天荒不老城的轮回井上空，久已封印的星门之阵中，却忽然撕开一道裂缝，瞬间掠过一条黑影，径直穿过了天元界的边境，向西北边天元界的紫微天都急驰而去。
黑影最终在紫微天都最东边的“轮回台”上落下，却是一位窈窕女子，虽然身着黑衣，却肌肤胜雪，凝脂如玉；虽然黑纱遮面，眉头紧锁，却仍能看出她有着美貌如花之绝代芳华。
她缓缓将怀中一团巨大的黑色水雾放下，任其悬空漂浮，却见其中内有一人，被四周黑水牢牢裹住，护住了三魂七魄，不会消失离散，同时黑色生命之水，正不断滋润他重创的身体，滋养恢复。
但见黑衣女子双手默念口决，双手不断挥舞，很快施放出黑色灵符法咒来，射入轮回台上矗立的星门法阵法眼之中。
星门法阵登时启动，投射出三维蓝色光影，赫然是一位鹤发童颜的老妪形象。
黑衣女子立刻跪拜下去，急声说到:“圣母
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