黄旭现在是帝国的皇上,他虽然仍是军队的最高统帅,但他也不可能事都亲躬，所以，找到一个合适的代言人那是很有必要的，如此一来，整军备战这个重任，自然而然地就落到了曾国藩的头上.
曾国藩被任命为太平军的元帅，负责掌管整个军队的具体事务。
在黄旭的建军思想指引下，在曾国藩的主持下,整个太平大军进行了扩编，大军以军团为主要单位，军团之下是师，师之下是旅，旅之下是团，团之下是营，再连再排，而后到班，最后是列兵。
而每一级按三三编制成军，即三个班为一个排，三个排为一个连，三个连为一个营……以此类推。
普通骑兵,重装骑兵,普通步兵,重装步兵等四个兵种,总计扩编为八个军团,也就是说，每个军种下辖两个军团,而每个也有自己独立的番号，第一,二军团为普通步兵,第三,四军团为重装步兵,五,六军团则为普通骑兵,七八军团为重装骑兵.
步骑的司令官仍然是保平安,副司令官为崔敏，步骑大军也是太平军中人数最多，份量最重的主力大军，保平安与崔敏的责任不可谓不大。
在保平安与崔敏之下，各军团的主官也已确定下来。
第一军团,军团长由崔敏兼任,不设副军团长.
第二军团,军团长卢博,副军团长余震东, 卢博与余震东一直以来的心愿就是能驰骋疆场，为国杀敌。此次，在黄旭的授意下，曾国藩对二人做此任命，卢余二人终于是得偿所愿.
第三军团,军团长胡林翼,副军团长罗泽南
第四军团,军团长曾国华,副军团长彭玉麟
第五军团,军团长曾国荃,副军团长曾三
第六军团,军团长吕擎天,副军团长李开芳,其中,副军团长李开芳是太平军将领中的后起之秀,他是曾国藩慧眼识珠,从最低层提拔起来的优秀将领，被委以重任，那是众望所归.而吕擎天则是军中元老，除了所建战功颇多之外，他还曾经与黄旭兄弟相称，也算是黄旭名义上的一个兄长来的，虽然说。他们谁都没当一回事。也没有多少人知道，但毕竟这也是事实，所以，他做这第六军团的军团长也是实至名归。
第七军团,军团长田小二,副军团长东方不惑,黄旭的这两个兄弟,带领特战分队为国征战多年,不但积累了丰富的实战经验,而且。功勋卓著。所以,既然是龙,那就应该放之于大海,任其遨游,所以,黄旭也愿意给自家兄弟一个机会,让他们去建功立业。
第八军团,军团长陈玉成。副军团长罗大纲, 说起来这陈玉成与罗大纲,那也不是平常的人物,此二人都是太平军中著名将领，特别是陈玉成，他有一个绰号。名叫“疯狗”，意思是说，他这人就是个拼命三郎，打起仗来，那是不要命的主。
步骑总计八个军团，的确算得上是军中主力。
步骑军团之后，得到升格的是弓箭手独立大队，弓箭手独立大队升格为弓箭军团,番号为第九军团,军团长由原主将杨宜清升任,原副将吕擎天已升任第六军团的军团长,所以,副军团长由杨宜清的兄弟傅忠信接任.
弓箭军团也是军中利器，太平军中的又一主力。
除了这两大主力之外，还需大书特书的则是可称之为国之利器的火器军团。
由左宗棠统领的火器军团，在原先那一个军团的基础上,又增设了二个军团,总计是组建起了三个军团,司令官仍然是左宗棠,但不设副司令官，一应大事全都由左宗棠说了算。
三个火器军团的番号分别是,第十军团,第十一军团,第十二军团.
第十军团的军团长由李秀成担任,同样不设副军团长。.
这第十军团也就是原先左宗棠率领的那个火器军团的老底子,也是三个火器军团中综合实力最强的一个军团,而李秀成出任这第一军团的军团长也是最合适的，因为，他在出任大内总事务长及九门提督之前，原本就是火器营的主将，对火器那是非常之熟悉，而且，他为将多年，同样是战功卓著，如果让这样优秀的将领去做一个近侍，那不是暴殄天物嘛，黄旭与曾国藩可不愿意这样干。
而李秀成大内及九门的职务则由关唐接任,本来，关唐也想来军中，但黄旭不让，关唐也只好勉强接受了新的职务，不过，黄旭还是答应他，在合适的时候，他会允许关唐到军中效力，这样一来，关唐也就安心地做他的大内总事长及九门提督了。.
第十一军团军团长为李元度,副军团为胡四儿
第十二军团军团长为刘坤一.,副军团为江忠源.
以前的工兵营升格为工程兵特种师,师长官朱衣点,不设副长官.
后勤保障大队扩编为后勤保障军团,军团长余一龙,副军团长段一虎.
特种作战分队扩编为特种作战大队,总计为三千人,直接隶属于黄旭,由黄旭出任总统领,大队下辖三个分队,每个分队再设三个小队,分队长及小队长由黄旭再委派心腹将领担任.
关键的三个分队长分别由李世贤，韦俊，林凤祥担任.这三人也是太平军中的后起之秀,属于完全效忠于黄旭个人的那种将领.
情报处升为情报部,由姚大洪任部长,刘玉华任副部长.
另外,黄旭还特别组建了一支新的军种,名为海军,黄旭明白,如想征服列强,那免不了要漂洋过海,而要飘洋过海，那就少不了海军。先不说其它远一点的国家,就说这一衣带水的倭国,那如果没有海军,想要战胜他们，那是相当困
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