完成了全部工序的伊莉雅，在确认卫宫士郎已经进入了灵魂融入身体时进行“自我调适”这一最终阶段、不会再有任何意外出现后，这才将注意力投注在身边的海带头上――但是，就在她想要吩咐少年将封印起来的反英灵交出来的时候，却发现根本并未开启的“根源之涡”之中，竟然突然游走出来了一条通体赤红的灵动小蛇！
而随着它的到来，通往“根源”的通道在此刻彻底敞开――就在一瞬间，白泽顿时两眼一黑并被“根源”抽吸而去，而大出意料之外的伊莉雅，也在那股超出了一切的伟力下满心惊恐懊恼的望了尚未苏醒的卫宫士郎一眼后，就随之瞬间被根源之涡吞入其中……
在这次圣杯战争之中打满了一次酱油的白泽，虽然就此离开了这个位面，但是其他几位主角的故事却并未结束。
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随着“根源之涡”的消失，大空洞也随之崩塌，好在有ride带着远坂凛与间桐樱从地下逃离，否则这两个经历了连续大战而变得无比憔悴的少女，就要因为如此可悲的原因丧命于此了。
似乎是因为之前樱在黑化后成了圣杯的代行者的缘故，即使如今随着“根源之涡”的关闭，冬木市的大圣杯也不见了踪影，但是樱却依旧保留了ride的令咒，而樱本身那堪称海量的魔力，虽然难以支撑ride进行高强度的战斗，但是却也足以勉强维持其继续存在于这个世界之中――而樱则因为曾经黑化的经历，凭借黑泥将身体中的所有刻印虫之类的“杂物”都吸收一空，因此再也不需要担心受其控制和拖累的问题了。
至于身为男主角的卫宫士郎，却再也不见于人世，即使后来ride持续到已经坍塌的大空洞打捞了一个月，都依旧没有发现任何对方的踪影，最终被在场的几人判定将其列入了“失踪人口”之中，并暗自认为其已经随着伊莉雅，一同去往了那个“根源之涡”的深处。
而两年之后的春天，留在卫宫家的樱、ride，还有从伦敦时钟塔留学归来的凛三人相约一起，欣赏位于柳洞寺山下的樱花胜景……
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