可印尼仍旧对马来西亚占了小半苏门答腊不满，所以两国在南苏门答腊和楠榜省的边界时常地发生交火冲突。
南马的实际控制者为军阀头子西迪，而西迪实际上是效命齐一鸣的红警间谍，齐一鸣当初把他扔在南马三州为的是拉动国内一些马来人过去投奔，至于那里的马来人过得好坏，他是一点不在乎。当然更重要的使命西迪也已经完成了，那就是让苏门答腊彻底分裂成数个国家。苏门答腊岛也因一岛六国成为世界上一个岛屿国家最多的地方。
齐一鸣对于马来人和爪哇人都没什么好感，用西迪也存了折腾马来西亚和印尼，使其流血不止的心思。西伯利亚远东独立后的军火库，就有一部分武器被齐一鸣拿出来卖给了西迪的南马军，而得到大量苏制武器充实的西迪武装也更加强大。
击沉马来西亚渔船事件发生后，西迪宣称绝不能容忍，在国内鼓动民族仇恨，使得很多马来人再度习惯性化身暴徒，杀害和抢劫南马的印尼人（主要指的是爪哇人、巽他人、马都拉人等）。在这之后，南马军还攻击了楠榜省边界的印尼军哨所，造成了印尼军的大量伤亡。
印尼总统苏哈托怒不可遏，因为马印关系的恶劣，所以印尼在楠榜省屯驻了大量军队，南马军袭扰之后，印尼军却动了真格的，也越过边境向南马军进攻。不过因为两国两军比较差的战斗水平和战斗意志，所以这场糊涂仗打得死伤不多，但逃跑开溜得不少。
本来武器占优的南马军却打得不尽如人意，让西迪也十分不爽，他接受的齐一鸣命令就是一个大概上的不断跟印尼闹别扭，至于具体怎么搞齐一鸣没有交代。于是这名军阀头子就祭出了从远东搞来的“法宝”――飞毛腿导弹。
两枚飞毛腿导弹从南马发射，跨越了海洋，攻击了爪哇岛上的印尼首都雅加达。印尼人根本是猝不及防，而且两枚地对地导弹竟然打进了城区，造成了上千印尼平民的死伤。
导弹袭城事件也导致了世界范围内的严重关注，一些国家对西迪的行为表示谴责，联合国什么的也要求立即停火和停止伤害平民，但是却没有真的哪个国家跳出来说要平息这场没头没脑的战争。
之后，战争还蔓延到了海上，印尼海军和马来西亚海军在爪哇海进行了如二战般的海上炮战。由于印尼海军装备了一些吨位比较大的舰艇，如部族级护卫舰、里加级护卫舰，南马海军处在下风，接连有船被击伤击沉。但随后西迪从远东太平洋舰队买来的风暴海燕级护卫舰和黄蜂级导弹艇也加入了战斗，使得海战变得更加激烈起来。印尼海军缺反舰导弹，但南马海军却不缺，最终印尼海军被击沉了两艘上千吨的护卫舰，被迫撤出了战斗。
爪哇海上的海战让南洋国内出现了一些加强本国海防的声音，只是很多南洋人并不清楚，马印海军加起来的吨位可能都不及南洋海军的一个零头。
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