神宗亲政以后，荒于酒色。中年以后，怠荒更甚，至于二十多年不视朝（这时候，鸦片初输入中国。有人说：神宗实在是抽了鸦片烟的，但是没有什么确据），官缺的也不补人。至于正旦朝会，朝廷之上，寥寥无几人（大凡结党攻讦，总是起于没有是非的时候。要是有比较清明一点的政治，朋党自然结不起来的）。神宗既然二十多年不视朝，一切章奏，自然是“留中不发”。于是言路互相攻击的人，无是非曲直可见，格外攻击得厉害。而只要言路一攻，其人就自然引去，于是言路的势力，反而更重。这时候，又有在野的顾宪成等，讲学于无锡东林书院，颇“议论时事，臧否人物”。附和他的人很多，就中朝的人物，也有遥相应和的，于是党议复起。言路之中，分为齐、楚、浙三党；朝臣之中，又有所谓昆、宣党，互相攻击。而这时候，又适有所谓“三案”的好题目，就攻击得更为厉害了。
神宗皇后王氏，无子。恭妃王氏，生皇长子常洛。贵妃郑氏，也生子常洵。帝宠郑贵妃，欲立其子。借口待中宫有子，久不建储，群臣屡以为言。公元1601年，才立常洛为皇太子。公元1615年，忽然有一个不知姓名的男子，持梃闯入东宫，击伤守门内侍。把他拘来审讯，他自言姓张，名差，是郑贵妃宫中太监刘成、庞保主使他的。于是众论哗然，很有直攻郑贵妃和贵妃的兄弟郑国泰的。后来事未穷究，但把张差、刘成、庞保三个人杀掉，就算完结。这个唤做“梃击之案”。
公元1620年，神宗死了，常洛即位，是为光宗。不多时，就病了。鸿胪寺丞李可灼进红丸一粒，光宗服之，明日而崩。于是东林党说这进红丸的事情，李可灼不能不负责任，也有人不以为然的，是为“红丸之案”。
光宗崩后，熹宗即位，时年十六。光宗的选侍郑氏，也住在乾清宫。御史左光斗上疏力争，选侍不得已，才移居哕鸾宫，是为“移宫之案”。
这所谓三案，本来不是什么惊天动地的事情。却是两党得之，都把它当做攻讦的好资料。事过之后，依旧彼此争执，互相攻击。这时候，大学士叶向高，颇左袒东林党人。吏部尚书周嘉谟，又多引用东林党。非东林党人恨之刺骨。熹宗也是个昏愚不过的，宠信乳母客氏，封为奉圣夫人。又宠任内监魏忠贤，非东林党就和他相结。御史崔呈秀更把东林党人的名字，都开给他，叫他“一网打尽”。于是魏忠贤自己提督东厂，先后杀掉杨涟、左光斗、魏大中、袁纪中、周朝瑞、顾大章、高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建等十二人（这十二个人，谓之“前后六君子”）。都是东林党里，表表有名的。又毁天下书院；把东林党人的姓名，榜示天下。魏忠贤威势赫奕；至于各省督抚，都替他建立生祠；歌功颂德的，遍于海内，真是不成事体。直到公元1627年，熹宗崩，毅宗即位，才把魏忠贤除掉。然而明朝的国事，已经无可收拾了。
明世系图
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