就历史的经验而言，新时代的开启必定充满了诸多的险难与波折，往往交织着奋进与屈辱的历史，而唯有如此，新时代的到来才带有更多的创造性。新体制的创造、新生活的创造、乃至于新国民的创造，犹如凤凰涅槃，浴后重生，以新的姿态面对这波澜壮阔的时代。无疑，对于明治维新时期的日本来说，它必将承受这样的煎熬。
佩里武力叩关，使得德川幕府打破常例，问政于京都的孝明天皇，这一举动不仅提高了天皇的地位，也暴露出日益没落的幕府统治正在逐步失去自身的权威。随着大量攘夷派人士聚集到京都天皇的麾下，其坚持的“攘夷论”观念与原本就在京都占据统治地位的“尊王”思想相互融合，形成了效忠天皇，驱逐外夷的“尊王攘夷”思想。
安政五年，即1858年7月，幕府“大老”井伊直弼迫于美国压力，在没有孝明天皇敕许的情况下，径自与首任美国驻日本领事哈里斯签订了《日美修好通商条约》。这一举动引起了天皇的不满。一些主张攘夷的强藩藩主策动天皇下诏，拒不批准签约，并历数幕府丧权辱国的行径，号召各领国起来反抗幕府。
“尊王攘夷派”的这一行为惹怒了幕府，从1858年10月到1859年的春天，幕府对京都的“尊王攘夷派”志士进行了大规模的抓捕，吉田松阴、桥本左内、赖三树三郎等领袖相继被暗杀，作为支持者的藩主也被流放或关押，其余受此牵连的百余人均被判刑，这一事件被称为“安政大狱”。“尊王攘夷”受到严重挫折。
为了替死去的志士报仇，水户、萨摩两藩的“攘夷派”志士在1860年3月24日发起了一次暗杀行动。他们的目标就是造成“安政大狱”的幕后黑手井伊直弼。这一天天空飘着细细的白雪，17个水户藩志士人和1个萨摩藩志士埋伏在井伊直弼宅邸附近的樱田门，伺机行刺。当井伊直弼乘坐骄子由60人组成的护卫队从家中出来时，志士们发动了突袭。虽然井伊直弼的护卫在人数上占有优势，但因事出突然，护卫一时没有反应过来，志士们利用这一时机，接连砍翻几名护卫，直接冲到骄子里，砍下井伊直弼的首级，然后四散逃匿。这一过程中，有几名志士先后被砍成重伤，后切腹自杀而死。有8人带伤向官府自首，2人在逃亡途中被幕府抓捕，1人于逃亡两年后自杀，只有2人在逃亡后得享余年。
为了不在双方之间造成更大的对立，也为了取得权力的平衡，幕府实行了所谓的“公武合体”。“公武合体”实际上是幕府和天皇相互妥协的产物，由此，原先支持“攘夷”的孝明天皇也转而支持“公武合体派”，并将自己的妹妹和宫嫁给了幕府的第十四代将军德川家茂。天皇朝廷希望以这种方式使“公武合体”得以巩固，天皇的权威也能因此加强。但是天皇的举动让一部分“尊王攘夷派”很是不理解，他们纷纷表示反对天皇与幕府联合。
为了巩固权力，1863年，“公武合体派”驱逐了“尊王攘夷派”在京都的势力，掌握了政局的主导权。1864年，幕府对“公武合体”进行改革，建立了由幕府和各地强藩大名组成的参领会议，这实际上又企图架空天皇的权力。
虽然京都的“尊王攘夷派”遭到驱逐，但是地方强藩的“尊王攘夷”依旧如火如荼。长州藩和萨摩藩是地方“尊王攘夷”的中心，他们驱逐了幕府派驻本地的官员，对美、英等国的船只和人员进行炮击和杀害。这一举动引起了西方列强的不满，美、英、法、荷等四国对长州藩和萨摩藩进行了严厉的报复，迫使两藩屈服，并要求赔偿战争损失。而此时，对“尊王攘夷”愈演愈烈的长州藩和萨摩藩强烈不满的幕府也发动了对两藩的征讨。在内乏外攻之下，长州藩和萨摩藩只好向幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，“尊王攘夷”志士被迫逃亡。
斗争的失利使“尊王攘夷派”认识到若想抵御外国侵略，使本国独立富强，必须先打倒软弱无能的幕府。“尊王攘夷派”随即改变战略，由“攘夷派”转化成了“倒幕派”。1867年1月30日，孝明天皇去世，16岁的睦仁太子即位。在倒幕派的鼓舞和支持下，1867年12月9日，睦仁天皇实行“王政复古”，废除摄政、关白、幕府，设立“总裁”、“议定”和“参与”三个新职务；发布《王政复古大号令》作为施政纲领。
看到新天皇的一系列举措后，为了试探天皇的用意，幕府将军德川庆喜以退为进，向朝廷提出辞去将军一职。倒幕派认为其是在假意拖延，因为德川庆喜即使去职，还是拥有大量的直辖领地和武装，这些都对天皇权力构成威胁。倒幕派决定对德川庆喜的势力采取彻底的打击，但是没等他们动手，德川庆喜却先下手了。
1868年1月26日，1.5万名幕府军兵分两路朝京都进发，第二天早晨，一路8000人来到京都附近的伏见，另一路7000人来到鸟羽，准备对京都形成包围。倒幕派立即组织实力最强的长州藩和萨摩藩分兵御敌。当时的倒幕军人数只有幕府军的三分之一，但是他们装备精良，士气高昂，并且还受到百姓的拥护和支持。
1月27日黄昏，幕府军开始发动进攻，遭到了倒幕军顽强的阻击，幕府军未能前进一步，而倒幕军猛烈的炮火却使幕府军伤亡惨重。幕府军决定趁夜色发起突袭，但是倒幕军早有准备，突袭失败。到次日清晨，幕府军开
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