战国时代，忍者发展迅猛，流派繁多，其中以伊贺与甲贺两派最为强盛。伊贺与甲贺虽都地处群山地带，但是立场各异，互相敌视。伊贺忍者起先并未依从任何一个战国大名，但因其势力发展过快，遭到了当时欲统一日本的织田信长的忌惮。1581年9月，织田信长发重兵对伊贺展开了大规模清剿，伊贺派创始人百地三太夫战死沙场，伊贺派势力遭到重创，后依附于德川家康，在其图霸大业中立下汗马功劳，成为德川氏的御用忍者。
相对于伊贺派最初的“自由之身”，甲贺派则非常自觉地寻找着自己的靠山，先是六角氏，后为细川氏，再后依从于织田信长。依托其势力，甲贺派得以迅猛发展，本能寺之变后，甲贺派发生分裂，迅速衰落，至江户时代中期，几乎销声匿迹。
伊贺与甲贺虽然门派不同，各有从属，但是这两大忍者流派为忍者基本规范的奠定都作出了巨大的贡献。1676年，忍者藤林保武参照《六韬》和《孙子兵法》的内容，结合伊贺与甲贺的思想精髓，写成了忍者书《万川集海》。
《万川集海》共有十卷，分别从忍者的历史、忍者的人格修养、忍者的组织形态、忍者的智慧、忍者的计谋、忍者的武器等诸多方面对其理论基础与技术能力加以系统阐释，可以说是了解忍者世界的百科全书。
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