曾国藩一到祁门，见四周山势陡削，与外界相连的仅一条东通休宁、徽州，西连景德镇的官马大道。除此之外，有一条小路，勾通北面的两个小镇：大赤岭、大洪岭；另有一条小河，名叫大共水。大共水发源于祁门，南下经浮梁、景德镇流入鄱阳湖。河面狭窄，只能浮起坐两三个人的小船，货船不能进来。这里人烟稀少，土地贫瘠，倘若东西方向的官马大道被堵，与外面的联系一断，县城则陷于绝境。曾国藩后悔不该匆匆将驻扎祁门的决定上报朝廷，但事已至此，只得暂时住下。不久，实授江督并任命为钦差大臣、督办江南军务的上逾到达，曾国藩更觉要老成持重，决策不能随意更改。但幕僚们不以为然，纷纷劝他离开祁门，另觅合适之处，曾国藩不听。因为马匹买不齐，马队暂不能建，李鸿章也跟着到了祁门。他用了两天时间，将祁门四周实地勘察一遍，对曾国藩说：恩师，祁门地势形同釜底，此兵家所说的绝地，不如及早另择他处，以免将来受困。见曾国藩沉吟不语，李鸿章又乘势再进言，依门生之见，可移师东流。此地傍江依山，可进可退，可攻可守，老营驻扎东流，万无一失。曾国藩仍抚须不语。李鸿章忖度曾国藩心思已活动，话说得更直了：恩师，倘若长毛闻讯围攻祁门，只须数千人就可将出路堵死，我们将成瓮中之鳖，束手受擒。曾国藩抚须之手突然停住，两目光芒毕露，厉声责问：少荃，你如此厌恶祁门，是不是胆小怕死？若如此，你可收拾行李离开这里。烦你转告其他人，凡怕死在此地的人，都可及早离开。说罢拂袖而起。李鸿章只得讪讪退出。从那以后，再没有人敢提撤离祁门的话了。
曾国藩将祁门柴氏宗祠改作总督衙门，开始办理两江政务。他日夜审阅江苏、安徽、江西三省地方报送的文书，并分派幕僚，秘密考察三省府道以上官员的政绩，并撰楹联一副：虽贤哲难免过差，愿诸君谠论忠言，常攻吾短；凡堂属略同师弟，使僚友行修名立，乃尽我心。要各府州县将此联书写在官厅楹柱上，时时以此自戒。又刊发《居官要语》一篇给各级官吏，要求他们严格遵照执行。又亲拟一份告示，标题为《晓谕江南士民》，雕刻成版，广为刷印，张贴在集市、街衢、码头上。这个告示共有六条：一禁官民奢侈之习；二令绅民保举人才，以两江之才，平两江之乱；三是安顿流徙，恤难周贫；四是求闻己过，凡军政过失，许据实直告；五为旌表节义；六为禁止办团。三省官吏，见这位威名久播的新总督果然厉害，无不畏惮，官场腐败之风略有收敛。
欧阳兆熊《水窗春呓》卷上《设柜求言》：文正在徽，置一柜，凡言地方利弊，悉投其中，不必列名。于是告讦之风大起，人患之，求于老讼师。老讼师曰，不出三日，必令停止。众疑之，及第二日，果撤回。盖讼师日写数十无名之禀，皆痛詈文正者，文正不能不阅，又无可查究，此令遂停。讼师之心，可谓巧矣。
曾国藩又仿效武则天当年的办法，在衙门口置一木匦，名为举劾箱，命两个勇丁终日守护。号召所有军民人等，均可将各级官吏奸弊情事写成举劾函投入箱内，总督衙门对举劾人严加保护。曾国藩这一举动，使祁门附近几个县的官吏们整天提心吊胆。他们平日奸弊情事太多了，一旦落入这个素有曾剃头之称的总督大人手里，后果岂敢设想！祁门县令包人杰，捐纳出身，自称是包拯的三十五代孙，其居官却与先祖大相径庭，贪赃枉法，鱼肉百姓，祁门阖境怨声载道。这些天，他见曾国藩派员在三街六巷查访民情，急得犹如热锅上的蚂蚁，惶惶不可终日。
这天夜里，包县令换上青衣小帽，准备去北门外找一个人求教。此人年过七十，人唤施七爹。施七爹二十岁起在县衙门做事，一生给十多个县令当过幕僚，在衙门里整整混了四十八年，是一个更事极多、经验极丰富的刀笔吏。这两年养老住在县城，包县令每有难事，便带着一份礼物去请教。礼物厚薄，视事之难易而定。施七爹接过礼物，往往沉思一会，然后说出主意来，包县令照此去办，几乎件件顺遂。
包县令从钱柜里取出一个二十两元宝，小心翼翼地放进袖口里，谨慎地锁好钱柜。刚落锁，他想到今日此事关系太重大了，一个元宝可能会嫌少，又把锁打开，再取出一个同样重的元宝，仔细看好，放进袖口，这才出了门。施七爹见包县令恭恭敬敬地送上两个元宝，乐得透体欢喜。凝神听完陈述后，他抱着一杆长烟筒，石雕泥塑似的靠在椅背上，长时间沉默不语。包县令耐心地等着，大约过了半个时辰，施七爹想出了一个主意。
第二天晚上，守护举劾箱的湘勇将一大叠信函送到曾国藩书案上。像往日一样，他依次将最上面的一封信拆开，准备每一封信都亲自看一遍。谁知这一封信刚读了几行，便大为惊骇。这封信举劾的不是别人，正是他自己。信上说，曾国荃打下吉安时，偷运了二万多两银子回荷叶塘买田起屋，据说此事是曾国藩授意的。曾国藩额头上沁出了汗珠。他心中知道，沅甫的确运了不少银子回家，但并非是他授意的。不过，作为大哥，作为主帅，沅甫做的这种事，他能逃脱责任吗？曾国藩将这封信锁进竹箱里，继续看下去。
第二封举劾的是邹九嫂乘丈夫外出之时，偷了一个野汉子在家
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