光绪帝与慈禧太后在不到二十四小时内相继死去，而生前母子二人的关系又是那样的对立和微妙，不仅是清代历史上所未有的亦是中国历史上所罕见的。所以消息传出，中外震惊，各种评论和猜测亦随之而见。
近代的一些野史、小说和民间传闻、离奇古怪的猜测说法，在民间广为流传，以至相沿成习几成定论：“光绪皇帝是被下毒突然死亡的”。尤其是一位名叫屈桂庭的清末名医，在他写的《诊治光绪皇帝秘记》一书中披露：“光绪三十四年（公元1908年）十月十八日最后一次给光绪帝诊病时，发现光绪帝本己逐渐好转的病情却突然恶化，在床上乱滚，大叫肚子痛。而且脸颊发暗，舌头又黑又黄，这不是他所得之病的应有症状，三天后就崩逝了”。加之《清室外记》一书亦曰：“皇帝宾天之情形及其得病之由，外人无由详知……”更使光绪之死成了晚清历史上一大疑案。
清宫医案的确告诉人们，光绪是病死的。但是，从光绪死的那天开始，人们就怀疑他不是正常死亡，这也是事出有因的。
光绪元年正月二十日（１８７５年２月２５日），四岁的载湉在太和殿正式即位。从这一天起，光绪就被慈禧抓在手里，或当作争夺权利的利器，或作为显示威严的权杖，更多的情况下，则当作她御案上不可缺少的摆设，或是任意玩弄的木偶。这自然是慈禧专制政治的需要。入宫后的光绪，是在孤独中长大的，繁琐的宫中礼节，慈禧经常不断的严辞训斥，没有母爱，饮食寒暖没有人真心去细心照料，应倡导应禁忌之事，无人去指点揭示。
没有童年的欢乐，致使他从小就心情抑郁，精神不快，造成身体积弱，难以抵挡疾病的侵袭，留下了难以愈治的病根。天嘏在所著《满清野史》中称：人在幼年的时候，都受到父母的呵护，照顾其出行，料理其饮食，体慰其寒暖，既使是孤儿，也会得到亲朋好友的照顾。只有光绪皇上无人敢亲近。……皇上每日三餐，其饭食有数十种，摆满桌案，可离皇上稍远的饭食，大都已臭腐，接连数日不换。靠近皇上的饭食虽然并未臭腐，可经多次加热，已不能可口。……载湉自十余岁后，虽为天子，可还不如一个孤儿，以后身患痼疾，即是由于少年时衣食不节造成的。虽为野史，可内容与恽毓鼎的《崇陵传信录》所述：“缅怀先帝御宇不惟不久，幼而提携，长而禁制，终于损其天年。无母子之亲，无夫妇昆季之爱，无臣下侍从宴游暇愉之乐。平世齐民之福，且有胜于一人之尊者。”大致相近。说明光绪帝体弱多病之原因，实与自幼在慈禧太后淫威之下，失于调养照料有关。
由于光绪帝在政治上被慈禧所扼，是个十足的傀儡皇帝，而其生活及爱情遭遇亦是十分不幸的。“戉戌政変”后被幽禁于南海瀛台，行动不得自由。1900年8月14日“西巡”前，珍妃的惨死更使他失去了灵魂，象个木头人。不仅权力被剝夺，生命也全操纵在慈禧手中，因此人们怀疑光绪死于谋杀不是没道理的，其中一说：被毒死，更对凶手说法不一。
其一是袁世凯
袁世凯因“戉戌政変”告密有功，李鸿章病逝后接了他的班。但他深知因戉戌政変，光绪帝是对他切齿痛恨的，事实上光绪帝被幽禁之后，未尝一刻忘却袁世凱的叛卖。《庚子西狩丛谈》中记叙光绪离京逃往西安途中，每至一地，犹自“每与诸监坐地作玩耍，尤好于纸上画成大头、长身各式鬼形无数，仍拉杂扯碎之，有时画成一龟，于背上填写项城（袁世凯）姓名，粘之壁间，先以小竹弓向之射击，既复取下剪碎之，令片片作蝴蝶飞。盖其蓄恨于项城至深，几以以为常课。”时值将死之际，他不言不语地含着泪水，仍不忘用手指在空中划了“斩袁”两字。袁世凯深知慈禧先于光绪帝而死，自己就有可能被杀头。故以进药为名，暗中下毒将光绪害死，是极有可能的。宣统帝溥仪在《我的前半生》里写道：“我还听见一个叫李长安的老太监说起光绪帝之死的疑案。照他说，光绪帝在死前一天还是好好的，只是用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凱使人送来的。”然而，分析一下，尽管袁世凯有作案的动机，却至今尚未发现有任何确凿的证据。因此尚不能指认袁世凱是凶手。
其二是李莲英、崔玉贵等太监
李莲英（1848-1911年）是深得慈禧宠信的总管太监，李莲英常于慈禧面前短谗光绪，且持宠一再凌辱光绪帝，他事实上，可称是“后党”的影子核心。光绪亲政后，李莲英秉承慈禧的旨意与那些后党官僚里应外合，布置亲信太监“监视光绪帝的言行”，然后向慈禧报告，在“戊戌政变”中立下了汗马功劳。政变后光绪被置于李莲英的严密监视之下，还往往制造谎言去告知慈禧，愈加加重了光绪帝对他的仇恨。
崔玉贵为慈禧的御前首领太监，也是深得慈禧宠信的太监，他是残害珍妃的直接凶手。光绪帝对其恨不能生啖其肉，睡寢其皮，连珍妃的姐姐瑾妃亦对其深恶痛绝。因此他们怕慈禧死在光绪帝前，光绪重操权柄遭致杀头之祸，在慈禧死前先害死了光绪。然而，这一些记载，都是耳闻、猜测而非亲见，是不能作为直接的证据的。
其三是慈禧
谋杀光绪帝的凶手究竟存在与否？要说有的话只能是慈禧。因为只有在她主谋或默许下，
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