但作为战胜方的组织方面也不好过，胜利果实就在眼前，但现实派和理想派之间的矛盾也因此而全面爆发，最终演变成了武装冲突，于是一场残酷的内战发生了，最终理想派遭到了血腥的镇压和清洗，现实派大获全胜，但组织也因此元气大伤，并在内乱期间失去了对殖民地联盟的掌控。
于是本来就由无数大小阵营组成，有着大量内部矛盾的殖民地联盟也开始了分裂，再加上三大家族和地球联邦的暗中介入，最终殖民地联盟解体，并在不断的分裂和争权夺利中，演变成了神圣银河帝国、商业联合体以及自由同盟三大势力，其中除了神圣银河帝国之外，商业联合体和自由同盟都完全摆脱了组织的控制。
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