晚上九点左右，幕府军开始备战，准备第二次进攻，这次竹中重固出动了新选组在内的五千人，趁黑夜的掩护一举突破伏见。
然而率先进攻的却是萨摩军炮兵，他们一直隐藏的30门阿姆斯特朗炮同时开火，目标是竹中重固所在的指挥所。
幕府军没想到萨摩军的火炮可以炮击如此远的距离，顿时被炸的晕头转向。就连竹中重固也被炸伤，不得不将指挥所迁到镇外。
忽然的炮击虽然打乱了幕府军，但也激发了他们的愤怒，新选组局长土方岁三重组攻击队伍，向萨摩军杀来。
黑木雄二负责列阵杀伤萨摩军步兵，土方岁三跟在列阵后面，随时准备突击。
黑夜中，炮兵视野受限，炮击不如白天准确，也降低了幕府士兵的恐惧，五千人的方阵不断的近，萨摩军压力越来越大。
“装弹，快装弹，快枪队，上前！”西乡隆盛不住呼喝。
“嗒嗒嗒……”加特林机枪响起，其长长的火舌在黑夜里极为显眼。然而没过多久机枪的声音戛然而止。
“报告少将，速射机炮卡住了，无法射击！”一个士兵急报道。
原来机枪手因为紧张，导致转速过快，造成卡壳。
“废物！”西乡隆盛对加特林机枪寄予厚望，没想到关键时刻出了问题，“还不快将机炮撤下来修理！”
“嗖嗖……”这时子弹破空声越来越急，萨摩藩士兵不断被射倒，可以推断墓附军已经很近了。
倏然，阵前传来震耳的喊杀声，幕府军发起了冲锋。
西乡隆盛抽出腰间的长刀，活动一下身躯，准备迎接幕府军的在冲撞。
“为了天皇，杀！”
“杀……”
萨摩军发出一声齐吼，在武士的带领下迎向幕府军。
黑夜中，两军绞杀在一起，兵刃碰撞声，吼叫声、惨叫声，充斥着整个战场。
战场一角，一队幕府武士挥舞着雪亮的长刀，杀萨摩兵如同切菜一般，尤其是为首一人，如同一支利箭，杀进萨摩军深处，在月光下长刀如电，上下翻飞，每一次挥舞必有一倒下，刀法犀利狠绝，让周围的萨摩军恐惧非常。
“是新选组，他是土方岁三！”
“天啊，原来是这群魔鬼，快装弹，射杀他们！”
可惜这新选组的武士极为精明，他们一直移动，粘住萨摩士兵，即使有装完弹的火枪也没有机会开火。
白刃战幕府军占据人数优势，而且还拥有新选组这支武士队伍，萨摩军渐显颓势。
“土方岁三，拿命来！”西乡隆盛在人群中喊道。
土方岁三刚从一个萨摩兵的胸膛里拔出长刀，瞥见了向他吼叫的西乡隆盛，也不废话，将挡在眼前的人一一劈翻。西乡隆盛不顾手下的阻止，大叫着扑向土方岁三，长刀竖斩。土土方岁三冷笑一声，双手握住手中的名刀，迎了上来。
“铿！”
两刀相接，擦出一串火花。
“好大的力气！”西乡隆盛只敢双手剧震，差点就把持不住长刀。
“不错！”土方岁三赞赏道，能接住他全力一刀的人在日本可不多。
“幕府的鹰犬，浪费了一身好剑法！”西乡隆盛讥讽道。
“各为其主！”土方岁三双手一震，顿时将西乡隆盛弹开，随即一个突刺，如同一溜冷电，速度快极。
西乡隆盛知道眼前之人是个剑术大家，早有戒备，猛地侧身以毫厘只差躲过致命一击，然而还没有结束，土方岁三在二人错身的刹那倒转长刀，竟然从肋下斜刺而出。
“啊！”
西乡隆盛没想到对方竟然有如此惊奇的剑法，躲避不及，被刺进腹侧。
“少将……”
周围的亲卫武士跑了上来，三人将土方岁三包围，一人扶住西乡隆盛向后撤去。
主将受伤而走，萨摩军士气大减，也跟着向桃山后撤。
“所有人听令，缠住叛军！”
为了避免遭受火炮袭击，土方岁三率领幕府军紧紧跟随，一直杀上桃山。
萨摩军知道桃山守不住京都就危险了，他们在大久保利通带领下在桃山与幕府军展开激烈的争夺战，就在萨摩军支撑不住时，远处传来喊杀之声。
“杀，保卫天皇，打到幕府！”
正在戮战的大久保利通大喜，知道是援兵到了。
“是长洲兵，勇士们，给我缠住幕府军！”大久保利通吼道。
土方岁三和黑木雄二见到长洲生力军加入，知道此战无法取胜，命令撤退，幕府的夜袭也以失败告终。
桃山战场，大久保利通坐在地上呼呼喘气，看着像他走来的木户孝允笑道：“木户君，你来的太及时了，要不然我们就完了！”
木户孝允正色道：“赶紧重新布置防线，名桑兵也到了！”
名桑兵溃败后向伏见逃来，而木户孝允也向萨摩军靠拢，正好赶上这一幕。
四日凌晨，心有不甘的竹中重固联合名桑兵再次进攻，但他们失去了炮火掩护，而萨摩长洲加在一起足有150门火炮，还有后装炮，幕府兵还未来到阵前就被炸散，萨摩、长洲四千余人发起反攻。竹中重固见麾下士气低落，无法再战，只好退回淀城。
鸟羽、伏见之战结束，幕府军损失近三千人，天皇新军上万只有九百。
幕府军抵达淀城，然而事情却出变故，淀城藩主见幕府大败开始见风使舵，拒绝幕府兵进城。此时萨摩藩又从京都调来三千人，总兵力以达七千人，对幕府军展
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