36师于14时接到卫戍司令部命令，在挹江门至下关一带戒严，严禁各部擅自渡江。而此时，日军第6师团已攻入中华门，第3师团等部也逼近中山门，守军在日军压迫纷纷后撤至乌龙山、紫金山一线，74军还曾准备在三汊河架设浮桥准备渡江，但被36师所阻。此时南京守军军心已经开始动摇。
蒋介石虽电令唐生智可相机撤退，但出于政治考虑还希望能多坚守一段时间，因此于12日又致电唐生智“如南京能多守一日，则民众多加一份光荣；如能再守半月以上，则内外形势必一大变。”但是此令发出时，唐生智的撤退命令已经下达，朝令夕改只能增加指挥系统的混乱。
17时，唐生智召开师以上将领会议，部署撤退行动，下发撤退命令及计划。其计划基本设想是各部均从正面突围，只有少部随卫戍司令部从下关渡江。但是书面命令下达后，唐生智又以口头形式命令第87师、第88师、第74军和教导总队如不能全部突围，可用轮渡过江，向滁州集结。唐生智这一口头命令本意是为了能更多保存战斗力最强的中央军嫡系精锐部队，也是为了给蒋介石一个交代。但是这样一来却使本来就已混乱的撤退更为混乱，上述各部自然不会向正面突围而选择从相对比较安全的下关渡江，而其友邻则不明就里，也跟着撤退。还有一些部队根本不按照规定时间开始撤退，有的会议刚一结束便开始撤退，有的甚至还未接到命令就已经自行开始撤退。在此之中，一些高级将领只是向所属部队打电话通知撤退，便不顾部队自己先行渡江，其中不乏德式师的指挥官，如原87师师长现71军军长王敬久、87师现任师长沈发藻会议结束后就没有回指挥部直接奔下关，教导总队队长桂永清回到指挥部将撤退事宜告之参谋长邱清泉后就脱离部队先行赶往下关，而教导总队第2旅旅长胡启儒不等会议结束就以先去下关与36师联系为由只用电话通知第3团团长代行旅长职责，自己先去了下关。
在撤退命令下达前，已有不少溃兵拥至挹江门，而驻守该地的36师因没接到撤退命令，仍执行原先戒严的命令，甚至出现面对溃兵如潮开枪制止的情况。更是加剧了撤退的混乱程度。撤退命令一下，失去指挥的部队纷纷沿尚还安全的中山路向下关撤退，挹江门左右两个城门洞已被堵死，只有中间一门可以通行，大队人马蜂拥争过，不少人被践踏而亡，其中甚至有在光华门指挥部队勇拒日军的教导总队第1旅第2团团长谢承瑞！下关码头的局面更是混乱不堪，各部队争相抢夺船只，不少船只因超载而下沉，更有一些人见无船可渡，便利用门板等漂浮器材自制简易泅渡工具渡江，结果多葬身江心。
卫戍司令长官唐生智率司令部人员于12日晚从下关乘坐小火轮渡过长江，36师利用驻守挹江门控制小火轮的便利，在司令部过江后也乘坐小火轮渡江，因此损失不大。
87师、88师和教导总队则没有36师那么幸运，大部没能渡过长江（留在城里的多成为南京大屠杀的冤魂），只有少数官兵历经辗转渡江归队。
装备德制轻型坦克的战车第3连除3辆在战斗中损毁，其余全部在撤退中丢弃损失。
最后终结
教导总队从南京撤退之后，在武汉收容零散官兵，补充新兵，以储存在后方仓库的武器进行重新武装。1938年1月，军政部将在淞沪会战中损失惨重的湘军系统的第46师进行重新整编，将该师部分官兵并入第11师与第61师，以师部及所剩下的官兵与教导总队的残部合编成新的第46师。至此，中央军校教导总队番号不复存在。
合编之后的新第46师师长为原教导总队总队长桂永清，副师长李良荣(原航校特务团团长)和周振强（原教导总队副总队长）。第46师下辖第136旅、137旅和138旅，其中教导总队残部编成第138旅，由马威龙（原教导总队第3旅旅长）任旅长。2月桂永清升任第27军军长，师长遗缺由李良荣接任。
1938年5月下旬第46师在27军建制内参加豫东作战，日军第14师团集中全力猛攻27军在杨固集、双塔集一带的防线，27军此时既无士气也无战力，阵地很快被日军突破，桂永清竟不思反击反而率部退向开封，只是命令配属作战的88师接替106师防守兰封，88师师长龙慕韩竟步桂永清后尘于5月23日擅自放弃兰封，使日军不费吹灰之力进占战略重地兰封。德式模范师竟如此表现，实在令人痛心疾首！蒋介石闻讯后严令48小时内必须收复兰封。国军71军、74军、64军和27军全力反击，血战两天后于27日收复兰封，激战中46师再无昔日的赫赫虎威，三个旅长一死两伤（教导总队改编而成的138旅旅长马威龙阵亡），团长伤亡各二名，营长阵亡九名，全师伤亡达5000余人，却毫无战绩可言，收复兰封及周围要地的功劳均归于71军和74军。因此战后88师长龙慕韩被处决，成为抗战中第一个被处决的嫡系将领，桂永清和李良荣均被免职，第27军番号撤销，第46师仅剩3000多人，曾经显赫一时威风八面的教导总队基本已难觅其踪。46师的残部随着胡宗南的第17军团西撤，随后顺理成章地被胡
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