更何况他也看得很清楚，孔有德和李九成打的是什么主意，这些叛将其实很清楚，叛乱是成不了大事的，他们之所以还要这么做，其实也不过就是为了逼迫官府朝廷最终招抚他们，饶恕他们犯下的罪行，把这件事揭过去。
这次孔有德和李九成闹出这么大的乱子，他这个登莱巡抚肯定脱不了干系，如果他能尽快将这次兵变平息下去的话，倒是还有可以推脱的借口，但是如果万一动强，对其进行进剿，却不能得胜的话，那么整个山东局势恐怕就要彻底糜烂。
一旦事情到了那种地步的话，估计别说他的官当到头了，估摸着掉脑袋都不是不可能的事情。
现如今他的老师徐光启在朝中受当今圣上器重，为天子老师，如果他能尽快平息这次兵变的话，那么凭着徐光启在京师替他斡旋，估计他还有机会保住目前的地位，就算是丢了官，但是还有复起的机会，充其量也就是落得一个失察之罪，不至于闹到掉脑袋的地步。
所以孙元化这才态度暧昧，并不力主联合时下的山东巡抚发重兵对其进剿，而是左右飘摆，以至于叛军日渐势大。
但是想要重新招抚叛军，也不是一句话的事情，毕竟叛军这会儿正在气势汹汹的朝着登州扑来，要是让叛军一直攻至登州府城下的话，那么事情估计就不好收拾了，即便是要招抚他们，也要先打掉他们的气焰再说。
于是最终在十二月底的时候，孙元化还是派出了张焘领一军出登州，在登州西面设营拦截李九成和孔有德叛军进逼登州。
另外派出登莱总兵张可大引兵三千出战，和张焘在登州西面夹击孔有德、李九成叛军，意图先败他们一阵，让他们知难而退，接下来便招抚他们，令其重归帐下听用。
可是孙元化这次却打错了算盘，他严重低估了李九成和孔有德所率叛军的战力，另外也算错了张焘所率的这支人马，因为张焘本身以前就是东江军旧部，刚好也是孔有德的手下部将，让张焘领东江军旧部，去打孔有德，实在是一招超级臭棋，孙元化过高的估计了他个人的人格魅力。
孙元化认为那些叛军是被迫无奈才作乱发动兵变的，这些东江军旧部，他一直待其不错，这些人应该会为他卖命，听他的使唤，却严重的低估了东江军旧部之间的情义，以及这段时间辽东兵和山东兵之间的矛盾。
结果是张焘率部出战没多久，他虽然念及孙元化对他的好，并未投向叛军，但是也没有按照孙元化的命令领兵和孔有德所部的叛军交战，反倒是被孔有德派人去一通游说，他手下带出城的那些兵将们却直接投入了叛军序列，也成了叛军，张焘仅仅领了一百多亲兵，逃回了登州城。
剩下的张可大自然孤掌难鸣，在登州府外面被李九成和孔有德率领叛军，一举击溃，大败而归，带着少量残兵败将撤回了登州府之中。
登州府随即便被叛军包围，这一下孙元化有点傻眼了……
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