朱家营大捷的消息，迅速在南京城里传开了，整个南京也都沉浸在一遍喜悦之中。而南京朝廷下在惊喜之余，也不得不承认，现在整个南方还确实还是只有商家军靠得住。
而且胜利总是最能够鼓舞人心的，南京城中也立刻安定了不少，许多本来己经打算离开南京逃难的居民也决定先留下来，再看一看情况再说，毕竟不是万不得己，谁都不希望离开自己的家园，总之南京整个气氛，都因这次胜利而为之一变。
商毅当然知道，这一次胜利仅仅也只是起到鼓舞士气，安定人心的作用，并不能从根本改变目前的大局，保卫南京的任务，依然十分艰巨。首先下令，命李定国带领九师，驻扎在石城门外的莫愁湖畔，而黄得功部驻扎在正阳门外的山川坛边。聚宝门只留一个步兵旅驻守。
然后商毅又找到史可法和吴甡，把自己守卫南京的计划也原原本本都告诉给他们，当然隐瞒了玄皇教的存在，只说自己打算分兵两部，保卫南京城。不过请他们暂实不要把这个作战计划泄漏出去。
史可法和吴甡虽然对商毅的这个计划并不完全理解，因为在他们的意识里，守城就是要把敌人拒之在城门之外，如果让敌军攻入城中，城池也就被攻破了，但他们都是见过大阵仗的人，也知道现在的局势，并不会因为朱家营一胜而改变，而且基于对商毅的信心，同时两人也确实拿不出什么好办法来，因此现在也只能选择相信商毅了。
得到了史可法和吴甡的同意之后，商毅也立刻在南京城中开始布置起来。
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屯齐在朱家营败阵之后，人马退守到大胜关里，好在是商家军只追到了关前，就立刻撤军了。这也让屯齐总算松了一口气，不过现在他也不敢轻易率军出击，只好守在大胜关里，然后派人给阿济格送信。
接报之后，阿济格也十分吃惊，这时清军的江南人马主要都聚集在池州府和太平府一线，正准备逐步清扫应天府的外围地区，也全面进攻南京作准备。而刚刚收到了回报，觉罗巴哈纳率军已经攻取了宁国府，但发现在广徳州有明军驻守，因此没有继续进军。而现在商家军己经在南京城中驻守，看来顺利的时候己经过去了，硬仗马就要开始了。
现在阿济格有两个选择，一是直接出兵，进攻南京。因为在攻取了宁国府之后，清军的侧翼也得到了保护，暂时到是不用担心，但南京本是坚城，又有商家军守卫，恐怕并不好打，一但久攻不下，宁国府再出点意外，那可就危险了；二是暂时不进攻南京，进攻广德州，继续清扫应天府的外围。这样一来虽然稳妥一些，但会给商家军守卫南京，集结兵力留出大量的准备时间，如果攻不下南京，外围清的再干净也没用。
一时间阿济格也犹豫不决，就在这时，忽然有人送来一份密信。阿济格接过来看完，也不由大喜，立刻下令，大军发动，向南京进军。
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