因此张献忠尽管舍不得武昌的安逸生活，但也事到临头，也不得不又重新拾了跑路的老招术。不过他的人马在长江以南，不敢冒险再渡江向北，因此只能向南逃窜。于是张献忠一面下令孙可望和刘文秀，让他们两人押运着抢到的钱粮物资，先从武昌府转移到大治县，自己随后领军撤退，准备向安徽江西地区发展，如果有机会，还可能攻打南京。并在撤退之后，在武昌城內四处放火，将全城焚之一炉。然后又令艾奇能领两万人马断后。
等商毅率领人马渡过了长江，赶到了武昌府的时候，只见四门大开，全城都以经燃烧了起来，城中到处都是火光，红焰耀眼，热浪逼人，浓烟密布，而百姓丧生于火海之中的，不计其数，哭号之声，不绝于耳，如同修罗地狱一般，惨不忍睹。
商毅见状，虽然又惊又怒，但也无计可施，也只好下令，三团在城外警严，自已指挥五团和辅兵进城救火，能抢救多少，就先抢救多少再说。
好在是商家军来得还算极时，而且武昌城的地域也不小，除去几个点火的中心区域以外，有许多地方虽然以经起了火，但火势还没有燃烧起来。如杲极时扑灭，还是能够抢救出一些地方的。而在武昌城中，还留有不少百姓，见有军队来帮着救火，也都纷纷行动起来。而商家军见百姓都聚集出来，也主动站出来指挥。
在有了商家军的指挥之后，救火抢险行动也由混乱变待有序起来，因此救火的效率也大大提高了，在军民齐心协力之下，到也扑灭了不少地方的火焰，还救出了许多被大火围困的百姓。
而就在这时，周少桓带领着二团也赶到了武昌城，两军汇合之后，周少桓向商毅报告，西军这时正在向东南方向逃窜。商毅得知以后，立刻明白了张献忠的意图，马上下令，命周少桓率领二团，追击西军，进驻樊口县，一定要狠狠的打击张献忠。并且追上张献忠之后，决不能轻易放手。一直打把张献忠打残为止。
周少桓领军走后，商毅又立刻投入救火之中，虽然现在扑灭了一些地方的火焰，但武昌城的地域很大，而扑灭的地方，大多都是边缘地区，由其在火势的中心，以经完燃烧起来，商毅也清楚，在没有现代救火手段的情况下，几乎是无法扑灭的，除非这时候天降大雨，否则就只能等着彻底烧光，大火才会息灭。
不过商毅虽然不是消防员出身，但做为一个现代人，毕竟也知道一些基本的救火常识，就算是遇到扑不灭火势，也必须加以限制，否则火势只会逐渐蔓延,越烧越广，就算是以经被扑灭的地方，也会死灰复燃起来。
因此商毅将军民分成两批，一批去扑灭火势较小的地区，而另一批对火势较大的地区，清除出隔一条隔离地带来，以免火势进一步蔓延。同时又命人在城外搭建临时帐蓬，安置老弱妇幼和在大火中受伤的百姓、士兵，并让军医救护。
但尽管商家军和百姓们都以经竭尽了全力，但等到武昌城中的大火彻底息灭，以经是三天以后的事情了。整个武昌城，也成了废墟一片。
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