这时留守湖北的明军是左良玉部，但在两大农民军势力的夹击之下，左良玉也只能一退再退，岌岌可危。而到了三月底，淸军逐渐北撤，首辅周延儒也自请外出督师，去了通州。而对內剿灭农民军的重任，崇祯就把希望寄托在吴甡的身上。
本来崇祯希望吴甡能够像周延儒那样，自告奋勇，主动请命。但吴甡早以在官场混得成精，深知流寇不同于清军。因为一般来说，淸军虽然凶悍，但在抢劫一通之后，是会自动退出关外，至少前几次都是这样。但流寇却永远都在大明的土地上，除非是全部缴灭，否则难以平息。因此也一直揣着明白装糊图。
但在崇祯的一再暗示之下，吴甡终于推托不了，只能同意以内阁大学士兼兵部尚书的身份出任湖广督师，并以大理寺评事万元吉出任职方朗中，赞画军情。
但吴甡毕竟是老于世故，深知自己手上要兵沒兵，要将没将，湖广虽然有个左良玉，手下到是号称二十万大军，但一来左良玉部军纪败坏，而且还是出了名的不听调度，我行我素，当初洪承畴、孙传庭、杨嗣昌都吃过不少亏，如果就这么督师湖广，和送死其实没什么两样。因此向崇祯提出，请调精兵三万，以能战之将统领，自己方能南下督师。
但这时明朝的军队除了左良玉部和孙传庭部之外，大多都在抵御清军，而孙传庭坐守关中，有保护京师的重任，也不能轻易调动。因此根本就抽不出兵力来供吴甡统带，更不要说能战之将了。而吴甡也下定决心，手里无兵，决不督师，就在京师干等着，无论崇祯怎样催促，也不赴任。结果两人就这样耗了起来。
崇祯固然对吴甡越来越不满，而吴甡心里也是左右为难，深知这么耗下去也不是办法，皇帝的忍耐终究是有极限的。但自己如果不带兵南下，将肯定一事无成，而以皇帝的性格，到了那时可不会理自己什么有兵无兵的原因，一定也不会侥了自己，可以说是前后都走不通。
但就在这时，商毅如横空出世一般，出现在崇祯君臣的面前，而且为了分辩商毅战功的真假，一时把吴甡督师的事情也忘了。而吴甡心里也暗暗高兴，一来转移了崇祯的视线，也为自己多赢得了不少时间，二来假如商毅的战功是真的，则说明这个人确实有些本事，那么就带他南下督师，总胜过自己一兵不带得好。
而确实了商毅的战功属实，又亲眼看到了商毅部队的军容之后，吴甡心里也不由庆幸，这商毅简直就是从天上掉下来为自己解困的人，因此一回到建极殿上，吴甡立刻就向崇祯提出建议，调商毅部随自己南下督师。
其实崇祯也不是不知道吴甡的难处，只是现在朝廷确实无兵可派了。而湖北好歹还有左良玉在撑着，怎么样也能顶一阵，因此对吴甡迟迟不动也颇为不满。但现在吴甡提出，调商毅一起南下督师，这到未常不是一个解决的办法。于是转头问曾化龙，道：“曾爱卿，你以为如何呢？”
因为现在商毅是山东的驻防参将，是曾化龙的部下，因此要调商毅，还是要征求一下曾化龙的意见，就是过场，也要走一下。
曾化龙对此到没有意见，见皇帝问自己，忙道：“为国出力，理所应当，臣无有异意。”
崇祯十分满意，又转向商毅道：“商爱卿，你又意下如何呢？”
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