在这个时代，“清军来了”基本就等于近三百年以后的“鬼子进村”的意思。因此当兖州府失守的消息公布之后, 尽管众人心里都有这个思想准备, 但还是在军民之中引起了一阵恐慌。
由其是唐镇、蒋义渠、鲍铜钢、王信、尤洪亮、周奇、吴汉生等人，他们都曾经的朝廷军官，并且和清军交过战，深知清军的厉害，因此在心里以经先怵一头。反而是周少桓、童大勇、成进、成刚这些年轻人，他们没有见识过清军的战斗力，加上跟着商毅征战这几个月来，连战连胜，因此心气都比较高。反到是有些擦拳磨，掌跃跃欲试。到是有几分初生之犊的气势。
不过商毅对清军的到来早就有了心理准备，而且自从组建民团以来，自己就一直以抵抗清军的入侵为目标来备战，而且在事实上，穆陵关的备战工作，也一直都在有条不紊的进行着，那么现在到是检验准备成果的时候了。而商毅招集众人，一方面是例行的消息通报，另一方面也是把城中的军民都动员起来，进入紧急状态。
等众人的反应都告一段落之后，商毅首先下令，让周世奇加快安置难民的速度，尽快将难民都安置到妥当，青壮少年男子也都马上整编训练，好尽快形成战斗力，利于城中的下一步备城。
然后商毅又命令侦察队，加强对兖州方向的侦察，并且在穆陵关外十里的范围內设立了五处暗哨，并且又安派骑兵队不断在关外巡逻，以便能尽早发现清军的动态。同时又下令军队提高警惕，不能有半点松懈，还加强了夜间的值守人员。
到了第二天，商毅也不顾还在新年之中，带领着军民人等出城，开始构筑城外的阵地。
穆陵关地方不大，虽然容纳的人口少，但可以用来的攻城面也不多，因此只用少量兵力就足够守住所有的城墙了。而且穆陵关原来就有一条护城河，只是没有水源，河床都以枯干了，其实成了一道沟壕。目此商毅下令，城外的阵地就从护城沟壕开始，先将护城沟壕进一步扩大，宽度达到三丈，深度也超过一丈，同时还在沟壕低部插满木刺。
另外穆陵关的地理位置确实非常好，位于群山之间，是南北交通要路的路口，而东西两面都是山地，离关城不到一二百多步，就是山地丛林，兵力难以展开，不是攻城的理想场所，因此淸军只可能以南北两面为主要的进攻面，当然也无法进行围城。
不过商毅还是不敢掉以轻心，命令居民又将东西城外的地面上挖出无数大小不等的坑道、沟渠，近一步破坏东西两面的地形，不仅使其彻底无法用兵，而且也难以通行，从而也在一定程度上，还切断了南北的通路，使清军无法进行南北连通。
同时商毅又在南北两方离城墙一百五十米的距离内，挖了三条壕沟，一方面是用来阻挡淸军前进，另一乡面也是便利于穆陵军判断距离，好根据清军的进度，使用不同远程武器攻击。而且毎条壕沟都只有一米多深，但却有三米多宽，无法躲藏。但只保留在城门正面，约六十米的距离沒有动，这是为了便利城内的人马居民出入。
而军民们也都知道淸军马上就要杀来了，因此虽然是在过年期间，但人人都没有怨言，努力干活，男女老幼一起动手，只用了十佘天的时间，就把这些工事都做完了。
在另一方面，穆陵关一带的详细山区地形图也以经绘制好了，在这段时间里，商毅已从军队中抽调出两个大队，跟着侦察队一起，进行山地作战的训练，并且让他们记熟地图，又返复走了几趟，做到万无一失。并且还在山里设置了十二处秘密的补给点，储藏着淸水、食物、药品和武器，使在山地作战的士兵们不用回城，就可以得到一定的补充，能够达到连续作战的目地。同时商毅还在山林里布下了一些土机关，以防制清军搜山。
而在关内的防守，十五门火炮都以经在城头上架好，以三门中型佛朗机炮居中，八门虎蹲炮分居左右，另外四门小型佛朗机炮分守城墙两端。每一门炮由三名炮手付责。另外鲁密铳也开始正式装配给士兵，并进行了几次城头的防守演习。
火药作坊，铁匠作坊的工匠经过这候时间的抢工，一共做出了三万颗纸壳子弹，实心弹五百余颗，霰弹八百余发。简易手榴弹一千多个，不过也把诸备的火药用去了八成多。这时工匠们正在加紧赶工烧木碳，制硝，搜罗硫璜。
另外孙和鼎造出的简易钻床经过了试运行之后，一切良好，也开使投入使用。
为此商毅还专程到铁匠坊里去看过，其实这种钻床的结构十分简单，就是一个用木料做框架。用圆形石盘做惯性轮，系上皮条之后，用人或是畜力拉动，使石盘带动钻头旋转钻膛，但工作效率却大大提高，只用六七天的时间就可以钻好一跟统管，而且质量远比手中打造的要好。唯一不好的地方就是需要经常换钻头，目前好的钻头与挫刀都是采用上好的堕子钢，堕子钢己经算是目前中国上等的硬钢，但钢性也并不很硬，一跟钻头最多也只能钻三支统管。
因为在这个时代，中国的炼钢技术以经落后于西方，但在短时间内想要提高炼钢技，是不现实的，商毅也只知道一些很粗的理论知识，还需要工匠来慢慢实践和摸索。现在只来不及了，只能把眼前的危机应付过去再说。同时商毅又让工匠们再多造几座钻床，好同时多钻铳管。
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