崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。
壮烈殉国
孙承宗回家之后，开始埋头于《督师全书》《古今中官志》、《高阳集》等著作之中，还经常与鹿善继、孙奇逢等人切磋学问，同时教育子孙，助民致富。
崇祯九年，金兵又从西线入关，退休在家乡江村讲学的鹿善继入定兴县城御敌，城破牺牲。孙承宗前往哭灵，祭奠忠魂。
为了防备清军进攻，他动员在山东当县令的长子孙铨捐资买砖，把高阳土城建成了砖城。
崇祯十一年十月，清睿亲王多尔衮又一次率军踏破长城，侵犯畿南。好友蔡鼎等劝说孙承宗到保定避难，茅元仪则说服孙承宗到南方去，孙承宗都婉言拒绝了，他说：“我都这一把年纪了，没什么可怕的了，如果能有机会战死疆场，也算是死得其所了。”
就这样，在清兵向高阳进攻的时候，孙承宗以岁的高龄，率领全家及高阳民众奋起抵抗，由于兵力相差过于悬殊，高阳城很快就被攻破了，孙承宗被清兵抓获。多尔衮听说抓到了孙承宗，非常高兴，亲自来劝降，孙承宗严词拒绝！有军官向孙承宗勒索金银，孙承宗大骂：“狗臊奴，不知道天朝有个没有金银的孙阁老？”清兵无奈，鉴于对其敬重，应允孙承宗可自尽而亡；看守的清兵不忍孙承宗自尽，从梁上救下三次。到傍晚，清兵换防，孙承宗坐在一张椅子上，令两个清兵用白绫将自己勒死，从容而又壮烈地结束了自己的生命（一说投缳而死）。
在保卫高阳的战斗中，孙承宗个儿子、个侄子，个孙子、侄孙殉国，全家老小4余人遇难，孙承宗死后（帝嗟悼，命所司优恤。当国者杨嗣昌、薛国观辈yi扼之，但复故官，予祭葬而已），福王时，始赠太师，谥号文忠。
《明史》赞曰：承宗以宰相再视师，皆粗有成效矣，奄竖斗筲，后先齮扼，卒屏诸田野，至阖门膏斧鑕，而恤典不加。国是如此，求无危，安可得也。夫攻不足者，守有余。度彼之才，恢复固未易言，令专任之，犹足以慎固封守；而廷论纷呶，亟行翦除。盖天眷有德，气运将更，有莫之为而为者夫。清朝统治者在编修《明史》时，回顾起孙承宗和袁可立联守辽东时后金进退维谷的局面，作此结论是中肯的。
军事著作
孙承宗遗留的军事著作有《车营扣答合编》。这是他在督师蓟辽，经营辽西防务时，筹划反攻辽东与其属下讨论军事问题的记录整理而成的。全书共一百零个问答，由《车营总说》、《车营百扣》、《车营百答》和《车营百说》等四部分组成，通过问、答、说、图等对车营编组方法、营阵布列、行军作战、后勤保障等问题，作了详细的分析和解说。在作战指导思想上，很重视发挥火器的作用与各兵种的协同动作。如说：“用车在用火”，“用火在叠阵”。所谓“用火”即是发扬火力；所谓叠阵即步、骑、炮重叠配置，彼此协同，长短相补。战斗队形也要因地制宜，灵活机动地使用方、圆、曲、直、锐等各种队形，向人们展示了火器和冷兵器并用时代，步、骑、炮等诸兵种协同作战的雏形，在军事思想发展史上，具有重要的史料价值。但《车营百答》则多出自赞画鹿善继、副总兵官茅元仪等人之手。当时由于保密，未能全部刊行。清同治七年才汇刻成书，四卷，万余字。
编辑本段生平大事记
年（嘉靖四十二年）农历正月二十五ri（月ri），孙承宗出生于今河北省高阳县西庄村。父亲孙麒，母亲张氏，为孙麒与张氏第四子。
年（隆庆元年）4岁口授韵语，一过再过即成诵。
年（隆庆四年）岁外出从师，通孝经义。
年（万历元年）岁从三哥孙敬宗学习易经。以后五经、诸史皆孙敬宗亲授。
年（万历三年）岁应童子试，州县称异，郡守亦奇之。
年（万历六年）岁以易经补博士弟子，考试成绩为第二名。
年（万历七年）岁参加科试，得第一名。娶本乡王氏为妻。
年（万历年）岁参加岁试，得第一名。三哥孙敬宗得第二名。督学对县令说：“平舆二龙，是家且大。”
年（万历九年）岁二月，母亲张氏夫人卒。
年（万历十三年）岁到保定谒杨忠愍公继盛祠。十二月，长子孙铨出生。
年（万历十年）岁赴京师为中丞姜璧课授子弟。开始辑录《高阳县志》。
年（万历二十年）岁到易州为房守士课授子弟。三月，次子孙鉁出生。
年（万历二十一年）岁被选入京师国子监就学。
4年（万历二十二年）岁月，中顺天乡试第五名。参加奉天门选贡廷试，对《御倭策》。<
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