1073年在举行教皇亚历山大二世的殡葬时，改革派首领希尔德布兰被人们象暴动一样抬到“带锁链的圣彼得教堂”的教皇宝座上，拥立为教皇，称格列高利七世（1073—1085在位）。他毕生致力于实现“教权高于皇权”的目标。任教皇前历任罗马教廷的要职，成为罗马教会的幕后主持者，以纵横捭的才能与谋略立下了汗马功劳。任教皇后，正值亨利四世忙于镇压国内农民起义和大贵族叛乱，无暇他顾之际，因此，格列高利七世趁机逼迫他在纽纶堡的教皇使节面前向教皇亚历山大二世悔罪，答应今后服从教皇。1075年格列高利七世召开罗马宗.教会议，发布《教皇敕令》，重申禁止平信徒授任神职。宣称只有教皇具有任免主教，制定新法规。设立新教区的权力，只有罗马主教堪称普世主教。有权废黜皇帝，罗马教会永不犯错误，教皇永不受审判等等。1075年亨利四世解决了国内危机，于是迅速改变了对教皇的态度，对《教皇敕令》表示异议，再次委任米兰大主教。他利用法国和德国数千名主教和神父反对关于买卖神职和神父结婚的禁令，于1076年1月24曰在沃尔姆斯召开会议，猛烈斥责格列高利七世，否认他有教皇权力。枢机主教“白人休哥”带头控诉教皇的罪行。伦巴第全体主教也跟着反对他
格列高利七世对此予以反击。1076年2月22曰他召开宗.教会议，颁布了中世纪最著名的教皇法令，宣布革除亨利四世的教籍，取消他在德国和意大利的统治权，解除臣民对他的效忠誓言，这是前所未有的教皇权威的显示。亨利四世写了一封措词尖刻的信作为回答，宣称教皇是伪修士，应滚下教皇宝座，永受诅咒。但亨利四世没有统一的德国做后盾。德意志的贵族和大多数修士都趁机起来反对他。1076年10月德国贵族在特里布尔召开大会，宣布如果亨利四世的教籍一年内不得恢复，就要废黜其帝位，并决定1077年2月在奥格斯堡举行会议与教皇共商德国的政治和宗.教问题。亨利四世陷于巨大的危险。面对强大的反对势力，被迫屈辱地哀求格列高利七世帮他挣脱困境，撤销绝罚令。教皇拒绝一切要求。坚持要在奥格斯堡会议上解决这些问题亨利四世走投无路，决定采取忍辱负重的方法得到教皇的敕免。为了能在教皇参加奥格斯堡会议之前见到他。1076年的隆冬季节，他穿过阿尔卑斯山。在教皇去往德国的必经之地意大利北部等候。格列高利七世因不明德皇的来意，慌忙躲进卡诺莎城避难。亨利四世在城堡外披毡赤足等候了三天，请求宽恕，终于1077年1月28曰得到教皇敕免，随后返回德意志。这件事史称“卡诺莎事件”。
亨利四世通过苦肉计获得教皇敕罪得以保住皇位，这对于教皇而言无异放虎归山。亨利四世回国后，努力稳定政治局势，重新聚集起支持他的王公贵族和主教力量，那些反对他的人对教皇的信任大大降低，惊恐地也都投到他的麾下，一些坚持废黜他的贵族与主教则推选鲁道尔夫公爵为皇帝。格列高利七世于1080年3月召开罗马宗.教会议，再次废掉亨利四世的教籍和帝位。然而，重振起来的亨利四世针锋相对，于同年6月在布利克森召开宗.教会议，宣布废黜格列高利七世，推选其死对头拉文纳教区大主教威伯特为教皇，称克雷门三世（1080—1100在位），形成罗马城两个教皇对峙的局面。10月鲁道尔夫战死，亨利四世的地位空前稳固。他决心除掉格列高利七世，1081年率军进入意大利，围困罗马城达两年之久。格列高利七世被迫向诺曼人求救，援军未到，罗马城已被攻破。教皇克雷门三世在圣彼得大教堂为亨利四世举行了皇帝加冕礼。5月诺曼人军队进入罗马，德军北撤。
1099年帕斯卡尔二世（1099—1118在位）继任教皇，为争夺主教叙任权与亨利五世发生尖锐矛盾。1110年亨利五世进军罗马，迫使教皇让步。1111年双方达成协议，皇帝放弃主教叙任权，教皇放弃政治和经济权益，然后，教皇为亨利五世加冕。这个协议遭到德国主教们的激烈反对，他们拒绝交出自己的政治经济特权。教皇被迫撤毁协议，德皇大怒，下令囚禁教皇和枢机主教，强迫教皇为他加冕，并交出象征授任神职权力的权杖和权戒。然而，教皇迫于克吕尼改革派的愤怒抗议和强大压力，又于1112年3月召开罗马宗.教会议，撤回协议。9月又在维也纳宗.教会议上开除了亨利五世的教籍，再次重申平信徒无权授任神职。对此，亨利五世再次率军进入罗马，驱逐了教皇帕斯卡尔二世，另立卡里克斯托斯二世（1119—1124在位）为教皇。
皇帝与教皇之间长期争夺主教叙任权的斗争，逐渐使双方认识到。再继续下去不仅谁也无法取得绝对胜利，而且对各自的统治都会产生不利影响。同时十字军东征的成果也使双方无心再战。而把视线移向了富庶的东方。一些教会领袖人士也先后撰文论证教会和国家都有叙任权，国家授与世俗权力。教会授与宗.
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