（注：以下只列举在漫画原作中登场，并出现姓名或代号的成员；其他人物详见表格介绍）
主要成员
朗姆ruin，伏特加vodka，贝尔摩德veria的卧底
基安蒂ci，科恩korn
波本bourbon，即安室透?/降谷零，日本公安警察的卧底
已脱离组织
雪莉sherry，即宫野志保，脱离组织后化名灰原哀
黑麦威士忌rye，即诸星大/赤井秀一，fbi的卧底
沼渊己一郎被捕，
已死亡
龙舌兰tequila
皮斯克o，即枡山宪三
卡尔瓦多斯calvados
宫野明美化名广田雅美
宫野厚司，组织的科学家，死亡故事为口传
宫野艾莲娜，伊森·本堂cia的卧底
楠田陆道
苏格兰威士忌h，日本公安警察的卧底
首脑
那位先生（boss，あの方）
那位先生是组织成员对黑衣组织首领的称呼，也称“boss”。没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，身份成谜。“宠爱的女人”是贝尔摩德。其邮箱地址的按键音旋律为《七个孩子》。据作者青山刚昌所说已登场并出现全名。
“那位先生”（后方黑影）与其下属琴酒等人
主要成员
朗姆（rum，ラム）
黑衣组织的二号人物，boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。[7][8]在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。
琴酒（gin，ジン）
黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下ax4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356a。
伏特加（vodka，ウォッカ）
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩得（verh，ベルモット，又译苦艾酒）
黑衣组织重要成员。真实身份为美国大明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。精通易容与变声。负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。在纽约曾新一和小兰救下曾救过他，此后一直保护两人。知道柯南和灰原的真实身份，但却并没有上报组织，原因似乎也与她自身原因有关。与boss有着特殊关系，具体不明。
雪莉（sherry，シェリー；已脱离组织）
黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，药物ax4869的制造者。据琴酒所言是“在组织里算是少数头脑顶尖的人”。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被组织囚禁时服下ax4869自尽，却身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
皮斯克（o，ピスコ；死亡）
黑衣组织元老级成员。本名枡山宪三，71岁，汽车公司董事长。与boss关系密切。与宫野夫妇交情很深，了解到一些开发中的药物情况，并见过幼年志保。在暗杀政治家吞口重彦的行动时失误，在boss的要求下被琴酒灭口。曾一度认出灰原哀为宫野志保，并暗杀其未遂。
龙舌兰（tequila，テキーラ；死亡）
黑衣组织成员，操关西口音的大汉。在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子而被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
卡尔瓦多斯（calvados，カルバドス；死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与fbi的对决中，被赤井秀一击伤，在被带走调查前自杀身亡。
基安蒂（ci，キアンティ）
黑衣组织中的狙击手，与科恩搭档，有效射程为600码左右，实力强劲。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
科恩（korn，コルン）
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，狙击能力在600码左右，技术出众。性格冷酷、沉默寡言。参与过多次暗杀行动。同样讨厌贝尔摩德。
宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，宫野明美、宫野志保的父亲，在科学界以遭驱逐的“疯狂科学家”而闻名。和妻子宫野艾莲娜一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究。在志保出生后不久便与妻子一同“意外死亡”。
宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，英国人，宫野明美、宫野志保的母亲。和丈夫宫野厚司一起进行药物研究。沉默寡言，人称“坠入地狱的天使（el）”。在志保出生后不久便与丈夫一同“意外死亡”。生前对自己的死亡有所察觉，并且为尚且年幼的女儿志保留下了几盘录音。
底层成员
宫野明美（死亡）
黑衣组织的基层成员，宫野志保的姐姐，赤井秀一的女友。因父母都是组织成员而被迫加入组织。为了自己和妹妹能够脱离组织，化名广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒杀害。
楠田陆道（死亡）
黑衣组织基层成员，为了寻找失踪的基尔而奉组织
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