《二十一条》立刻成为纽约及伦敦媒体的头条新闻，这也使得日本试图尽快结束同中国的秘密谈判已经不可能。而美国国务卿在得知“二十一条”的内容后，随即照会中日两国，声明美国对于中日两国所缔结的条约如果有违门户开放政策的话，将一概不予承认。国内人民在得知“二十一条”的消息后更是义愤难平，国内外各界要求政府对日抗战的电报如雪片飞来，这给当时谈判的双方代表都带来了极大的压力。
在各方的压力下了，中日谈判也陷入了僵局，一拖便是四个月过去。日本人见在谈判桌上无法取得进展，随后便在东北、山东、福建沿海等地增兵，摆出一副谈判失败即开战的架势，并在5月7日提出最后通牒，限中国在48小时内对一至四号及其福建问题给予日本“满意之答复”，否则就要诉以“必要之手段”。
在这种情况下，袁世凯召集政府各机关首长开会，与会者包括副总统黎元洪、国务卿徐世昌、参谋总长及各部总长、各院院长等。在会上，袁世凯悲愤陈词，称在“国力未充、难以兵戎相见”的时候，目前只能暂时取辱，不然将重蹈甲午之覆辙。权衡利害，不得已接受日本通牒之要求，何等痛心何等耻辱经此大难后，大家务必以此次接受日本要求为奇耻大辱，本着卧薪尝胆的精神，做奋发有为之事业。不然，十年之后，非但不能与日本一较高下，亡国之危险将更甚今日
19年5月9日，外交总长陆征祥、次长曹汝霖及中方谈判代表施履本将将“二十一条”的最后修订本交给日本公使日置益，危机暂时化解。据当事人曹汝霖后来的回忆说:“当时，我心感凄凉，有一种亲递降表的感觉”。国耻面前，凡国人当身同感受。
尽管是大兵压境之下的城下之盟，但若把日本提出的《二十一条要求》原件和签订后的新约相比，二者还是有宵壤之别的。在四个月的艰苦谈判中，日本在各方压力下自行取消了最凶残的第五号要求；要求“所有中国沿海港湾、岛屿概不租借或让给他国”的第四号删除，改由中国自行声明；第三号中的两条删除一条，第一、二号中的十一条中日本所要求的无限移民及日商课税须得日本领事之同意，“中国方面绝对不能接受”，其他条文不是“留待日后磋商”，就是加进了限制条件，最后签订的实际上只有《十二条》。
日本的强蛮恶行引发了中国人民的极大愤怒，当时全国19个省的都督向中央表示支持的决心，他们不断呼吁中央决不屈服日本压力，而总统府也每天都要收到潮水般涌入的信件和电报，一时间民情沸腾，有抵制日货的、有毁家纾难的，民众的爱国情绪日益激昂。就连海外的留学生、侨胞等也纷纷奔走呼吁，坚决反对签订《二十一条》。
在长达八个多月的抗议浪潮中，日本成为过街老鼠，不仅在经济上受到重大损失，国际上也受到了美国和英俄等国的压力，正如旅美历史学家唐德刚所评价的:“日本虽然费尽心机提出灭亡中国的‘二十一条要求’，弄得臭名昭著，后来也只落得个雷声大、雨点小的收场，为天下笑。”
不仅如此，大隈重信也因为未经御前会议就贸然提出《二十一条》、结果导致外交失败（日本所认为的）而下台。接任首相的寺内正毅后来也不得不承认:“大隈内阁向中国要求《二十一条》，惹中国人全体之怨恨，而日本却无实在利益。”
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