三府九部容易造成冗官，开支颇大，所以许安将其进行了精简和改进。
外务部改为礼部，内务部被中书府兼并，参谋部被归拢于枢密院下属，农政部被归拢于户部下属。
宣教府被降为宣教部，和鹰狼卫一样独立于外。
新设中道府，掌管太平道内事务。
法部、吏部、工部、户部、礼部、枢密院成为新的六部。
六部下面分置二十四司处理政务，二十四司的具体设置经常会有微调，其中每个部的衙署之中均设置有一个于该部名称相同的司，称为本司，其职责相当于各部门的办公厅，本司郎中在各司郎中中最高。
中军府、中书府、中道府三府为新的三府，分别掌管军政道三事。
鹰狼卫下属的道政司，专门审核入道者的部门也被划归到了中道府中。
而除去三府六部制之外，许安还设立了一个新制度，名为“内阁制”，设立内阁。
法部、吏部独立不受三府管辖，归于内阁管理。
枢密院归于中军府节制，工部、户部、礼部归于中书府管理。
中道府下辖四司，并不管辖任何一部，只管辖太平道内事务。
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