高第因不援宁远而免职，以王之臣代。袁崇焕升为右佥都御史。那是正四品的官。
三月，复设辽东巡抚，由袁崇焕升任。魏忠贤见他地位重要了起来，开始对他提防，派了两名亲信太监刘应坤与纪用去宁远监军。皇帝派特务监视部队长官，是历代政治腐败时常常出现的情形。特务干预军事，后果一定极差，所以袁崇焕上疏反对，但抗议无效，特务太监非来不可。朝廷为了安抚他，加他一个兵部右侍郎（正三品，相当于国防部第二副部长）的头衔，并赏银币，子孙世袭锦衣千户。
在这时候，袁崇焕与大将满桂之间，发生了激烈冲突，冲突的原因在于另一个大将赵率教。
满桂和赵率教都是第一流的将领，但性格很不同。[45]满桂是蒙古人，非常戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却十分的机伶精乖，相信他一定很会讨好上司，所以每一个辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、高第、以至袁崇焕，个个都很喜欢他（在《碧血剑》小说里，在袁承志周岁时送金项圈的就是他）。
满桂和他本来是非常要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌压境，赵率教自己不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，满桂大大不高兴，不许援兵进城，后来因袁崇焕的命令才放他们进来。等到宁远解围，赵率教想分功，满桂不许，又骂他为什么自己不来救援，太没有义气。两人为此大吵。大概满桂的态度十分粗鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。
冲突转移到了袁、满二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走。[46]
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。
幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。满桂回任后，大概袁崇焕和他修好，表示了歉意。
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