寿隆元年，萧兀纳被擢升为宰相。升任宰相之后，萧兀纳更是整日不辞辛苦，为朝廷尽心尽力。
经历了丧妻失子之痛的道宗，晚年对政事尤为厌倦，用人都是由求官者自己掷骰子来决定．胜者授以官职，政事多靠萧兀纳等臣子处理，自己则整日以打猎为乐。寿昌七年，道宗病死在混同江的捺钵行宫。
道宗死后，耶律延禧即位，号称“天祚帝”。然而这位天祚帝与其祖父道宗同出一辙，是非不明，忠奸不辨，荒淫奢侈，终日被一群小人包围，忠直之士无法靠近。萧兀纳在天祚帝尚在“潜邸”时，曾多次直言，使天祚帝大为不满，记恨在心。由于萧兀纳为先朝重臣，又有拥立之功，天祚帝让他出任辽兴军节度使，同时授予他“守太傅”的虚衔，以示尊重。朝中的大臣都可以从平时的一些事情看出天祚帝对萧兀纳不满，小人则乘虚而入。
佛殿小底(官名)王华则投其所好，诬陷萧兀纳借用内府犀角，请求天祚帝给予处罚。萧兀纳不愿蒙受不白之冤，上奏道：“臣在先朝，诏许日取帑钱十万为私钱，臣未尝取一钱，肯借犀角乎”此时的天祚帝已被小人之谗言所蔽，不愿听萧兀纳的辩解，反而更加生气，免去了他的“太傅”官衔，降为宁江州刺史，不久又改临海军节度使，将他派往边远的小城市。天祚帝将身边的一些忠臣都赶走，对无耻小人大加重用。
萧兀纳含冤前往边境任职。当时，阿骨打带领的女真族逐步强大。面对辽的欺压，女真表面上表现得恭敬顺从，实际上却在暗中积蓄力量，有了准备反辽的种种迹象。在边境上任职的萧兀纳对女真的危险有所觉察，多次上书指出萧海里逃入女真后，女真就有轻视朝廷的心思，应该增加兵力，以防止意外的事故发生。此时的天祚帝整日沉醉于美女和打猎之中，不怎么关心国家大事。天庆元年，萧兀纳知黄龙府事，继而改任东北路军使，成为宁江州的军事首领。他再次上书：“臣治女真接境，观其所为，其志非小。宜先其未发，举兵图之。”并附上血书，这样的奏疏递交了数次，都如石沉大海，杳无音信。萧兀纳只得自己率领众将在巩固城防工事方面下功夫。每日与兵士挖壕沟，修筑城墙，并且亲自操练兵士。
但最终的结果在自己眼前的时候，萧兀纳有心无力，心力交瘁，欲哭无泪，并不是每一个人都有他这样前瞻性的眼光，有些东西他不愿意相信，但事实摆在那里，这个朝廷早已腐朽不堪，以自己一己之力难以扭转乾坤，但这些年读的书却荼毒了他的心志，忠君爱国并不能拯救这个朝廷，他也只能空有一身抱负，是这个朝廷辜负了他，让他成为了一代悲剧宰辅。
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