曹文诏早手握密旨，也暗中做足了准备，加上有旧军士兵暗中告密，闹事的旧军很快被平定，曹文诏同样下狠手，却带头闹事的旧军将领和他们的心腹亲信及参与的高级军官全干掉，上报朝廷的奏折内容跟洪承畴差不多一个样，都是顽抗拒捕，被乱枪射杀。
宁锦两城发生兵变的事令九边震惊，各军将官虽不清楚其中的细节，但大体能猜测出一些东东，无不心生惶恐，一个人考虑了整整三天，最终只带上亲兵卫队赶来锦州报到，算是妥协交出兵权，愿意接受朝廷的整编。
洪承畴并没有为难这些人，全部送去在临时设立的军官学习所学习，一些能接受并有所领悟上进的还有机会回归军队，重新掌兵，不过，所掌的全是新军，再怎么收买也无法象以前那样成为他们拥兵自重的私家军队了，因为军中都分配有不少政工军官，对普通士兵进行各种洗脑，想再忽弄这些普通士兵很难了。
也真有几个脑子发热的将官不肯接受整编，一怒之下想毁城或献关投降关外部族，结果还没下手，就被手下士兵一拥而上，或乱刀剁倒，或捆绑起来，交由朝廷处决。
经过这一连串的小波折之后，百万边军接受整编，淘汰了许多老弱病残，另征召了一些新兵，全部进行系统的军事训练，不过，百万边军的人数急剧下降，仅剩六十几万人。
关外部族好不容易才熬过这个寒冷的冬季，一个个早饿得眼睛发绿，眼见大明九边动荡，兵力急剧下降，皇太极认为正是破关的好时机，当即集结近三十万联军，浩浩荡荡杀向九边防线。
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