接下来发生的一切似乎也都在印证着刘穆之的猜想，在精心了准备三日之后，北府兵最终对建康城内的荆州军发动了最后的猛攻，北府兵倾巢出动，而刘裕则是此战的先锋，参战的除了北府兵，还有王弘的江州军，司马休之的乐属军，如今已是徐州刺史的殷仲堪也领着数千新招募的徐州军也加入其中。
从重装步兵被全歼开始，荆州军一败再败，士气已经低至谷底，最终桓玄只能是放弃建康，由水路逃离，并在大江帮的策应下，突破了北府兵水师的封锁，狼狈逃回了荆州城。
至此，桓玄之乱最终以荆州军大败，逃离建康收尾，而桓玄占据建康城的时间，前后也不过才四个多月罢了，离卫阶此前所预计的半年都还差了一个多月。
建康得以收复，最先进城的是谢安谢玄，还有北府兵，又两日清理后，在建康城收复的第三日，谢安领着当初被司马曜遗弃在建康城内的文武百官，来到了石头城。
他们要迎回他们的皇帝，司马曜！
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