陆军首脑们，吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。
由于二二六事件直接威胁到了裕仁天皇的统治权，因此对叛乱军官们的处置也异乎寻常的严厉。
此后，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。
让人们没想到的是，在宣判书里，一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。
在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及之前砍杀永田的相泽三郎也被处死，其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。
这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显的带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。
军部上层，在寺内寿一主持下，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。
荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，所有倾向于皇道派思想的军官，均被从陆军核心部门清除出去。
至此，日本统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制。
讽刺的是，皇道派发动政变时所积极追求的目标，军部施行独裁，国家政权组成以广田弘毅为首相的新内阁，采取法西斯化，这些在政变失败后反而得以实现。
这不仅是因为同属法西斯派别的统制派，牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。
自诩为“皇国中流砥柱”的日本陆军，最终把日本拖入了灾难。
从上海回到日本的平冈龙一，在政变发生时，刚好不在东京，算是躲过了一劫。
在叛变被镇压后，审问叛军军官时，才发现，作为统制派的主要成员，平冈龙一也在叛军暗杀的黑名单上。
1936年3月5日下午，广田弘毅拜谒天皇，接受了组阁大命，主张对华强硬的寺内寿一大将，入阁任陆相。
此后，日本法西斯右翼力量在日本陆军中不断扩张，其侵略野心亦日益膨胀。
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