“三清”之称始于六朝，开始仅指“三清境”。“三清”之作为道教尊神，是伴随着道教三洞经书说逐步形成的。《道教义枢》卷二云：“但知洞真法天宝君住玉清境，洞玄法灵宝君住上清境，洞神法神宝君住太清境。故《太上苍元上录经》云：三清者，玉清、上清、太清也。”《九天生神章经》称：“天宝君者则大洞之尊神。注曰：‘天宝君玉清元始天尊也。’灵宝君者则洞玄之尊神，注曰：‘灵宝君上清天尊也。’神宝君者则洞神之尊神，注曰：‘神宝君太清天尊也。’但此“三宝尊神”开始并非“三清尊神”，按唐武宗时（841～846）的道教神灵排列，先为元始天尊，太上大道玉晨君，太上老君（即三清尊神），其后为“玉清大有天宝君，上清妙玄灵宝君，太清太极神宝君三宝尊神”。另《业报经》《应化经》并云：“天尊曰：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年号无形天尊亦名天宝君，化在玉清境，说洞真经十二部以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年号元始天尊亦名灵宝君，化在上清境，说洞玄经十二部以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年号梵形天尊亦名神宝君，化在太清境，说洞神经十二部以教天中九仙，小乘之道也”。还有《元始上真众仙记》称：玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王，太元圣母所治。中宫太上真人，金阙老君所治。下宫九天真皇，三天真王所治。”这些不同派别的不同解释，虽有差异，但都促成了“三清尊神”的最终定型。唐《老君圣纪》称：“此即玉清境元始天尊，位在三十五天之上也，”“此即上清境太上大道君，位在三十四天之上也，”“太清境太极宫即太上老君，位在三十三天之上也。”南宋金允中在探讨与总结以上三清、三宝、三洞之间的关系后，认为：“三尊之号在经中只称元始天尊、太上道君、太上老君；其别号则曰天宝君、灵宝君、神宝君；以三境之名而称之则曰玉清、上清、太清；以三洞之书而名之则曰洞真、洞玄、洞神。”在“三清尊神”中，以太上老君出现最早。东汉末五斗米道成立时，即以太上老君为至高神。至东晋上清、灵宝派出，其《上清》、《灵宝》经中，始相继出现元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鉴于各派新出现众多神灵，梁陶弘景《真灵位业图》，企图予以系统化，其中“三清尊神”的雏形已基本确立。在此前后，诸书在言及三清尊神时，又有种种不同说法。如说：“道不可无师尊，教不可无宗主，故老君师太上玉晨大道君焉，大道君即元始天尊之弟子也。”“说经教主元始天尊，抱送玉帝道君（灵宝）天尊，流演圣教降生（道德）天尊”。“元始乃道中之祖为灵宝祖师，道君乃法中之祖为宗师，老君乃教中之祖为真师。”若从它们出现之先后为序，先为“老君”，次为“元始”，后为“道君”。此外，五代闽主供奉“三清”为宝皇大帝、天尊、老君。元始天尊居“三清尊神”之首，在宫观“三清殿”里居中。其名最早为元始天王，晋葛洪《枕中书》云：“昔二仪未分，溟涬鸿蒙，未有成形，天地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄，已有盘古真人，天地之精，自号元始天王。”虽然道书中有将元始天王与元始天尊当作两位尊神，但正如宋代道士宁全真所说，元始天尊者“故称云元始天王者是也”。《云笈七签》卷一百一，撰列诸尊神传纪，亦首列《元始天王纪》，可见宋时已当作一位尊神了。南朝梁陶弘景撰《真灵位业图》，共分七个神阶，元始天尊列为第一神阶的中位，《隋书·经籍志》也载：“道经者云：有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极。”道书认为：“玉清元始天尊也，本玄一之气，凝结至高曰天，上有主宰谓之帝，道居帝之先，故为元始。”唐末道士杜光庭于广明二年（881）进《三界混元图》于朝，其中叙曰“天尊者极道之宗元，挺生自然，消则为气，息则为形，不无不有，非色非空，不终不始，永存绵绵。居上境为万天之元，居中境为万化之根，居下境为万化之尊，无名可宗，强名曰天尊，盖世人尊之如天，仰之则弥高，攀之则无阶，杳杳冥冥……生万物而不为主宰，御万化而不为言，至尊、至极，故曰天尊也。”《云笈七签》卷一百一《元始天王纪》云：“元始天王禀天自然之胤，结形未沌之霞，托体虚生之胎，生乎空洞之际。时玄景未分，天光冥远，浩漫太虚，积七千余劫，天朗气清，二晖缰络，玄云紫盖映其首，六气之电翼其真……进登金阙，受号玉清紫虚高上元皇太上大道君……元皇位在玉清，掌括上皇高帝之真。”总之，从两晋到南北朝时，元始天尊已逐步驾临于太上老君之上，成为道教第一位至高神。灵宝天尊居“三清尊神”第二位。南北朝时《上清》《灵宝》经相继出现太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景《真灵位业图》列第二神阶中位，名“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”为万道之主。《云笈七签》卷一百一的《太上道君纪》《上清高圣太上玉晨大道君纪》所记略同，但又稍有差异。据《灵宝略纪》称：“太上大道君以开皇元年托胎于西方绿那玉国，寄孕于洪氏之胞，凝神琼胎之府三千七百年，
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